| 基于节点拓扑排序和条件互信息的基因调控网络路径一致性构建算法 |
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| 引用本文： | 刘攀,邓伟.基于节点拓扑排序和条件互信息的基因调控网络路径一致性构建算法[J].生物物理学报,2013(1):73-83. |
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| 作者姓名： | 刘攀 邓伟 |
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| 作者单位： | 苏州大学计算机科学与技术学院 |
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| 摘 要： | 为了在构建基因调控网络时能确定网络方向,在基于条件互信息的路径一致性算法PCA-CMI的基础上,利用节点拓扑排序(node ordering,NO)建立了构建调控网络的PCA-CMI-NO算法。为建立这一算法,对图分裂方法加以改进:首先对基因对间的互信息进行筛选,然后按贝叶斯得分对子图排序,根据子图顺序选取不同子图中含相同基因对间边的方向,从而确定基因表达数据中节点的顺序。最后,将节点拓扑排序结果应用于PCA-CMI所构建的网络,获得有向网络,同时,使用条件互信息去除独立关系的边,以提高网络准确率。采用DREAM3数据集,将PCA-CMI-NO算法与有序的K2算法进行对比,验证了算法的优越性。
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| 关 键 词： | 基因调控网络 贝叶斯得分 图分裂 节点拓扑排序 |
Construction of Gene Regulatory Networks by Path Consistency Algorithm Based on Node Ordering and Conditional Mutual Information |
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| LIU Pan,DENG Wei.Construction of Gene Regulatory Networks by Path Consistency Algorithm Based on Node Ordering and Conditional Mutual Information[J].Acta Biophysica Sinica,2013(1):73-83. |
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| Authors: | LIU Pan DENG Wei |
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| Institution: | School of Computer Science & Technology,Soochow University,Suzhou 215006,China |
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