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| 使用伪氨基酸组成和模糊支持向量机预测蛋白质结构类 | |
| 引用本文： | 姜小莹,朱俊东,李晓波,张同亮.使用伪氨基酸组成和模糊支持向量机预测蛋白质结构类[J].生物物理学报,2008,24(1):43-48. |
| 作者姓名： | 姜小莹 朱俊东 李晓波 张同亮 |
| 作者单位： | 1. 河南科技学院化学化工学院,河南新乡,453003 2. 华北煤炭医学院信息中心,河北唐山,063009 3. 东华大学信息学院,上海,201620 |
| 摘 要： | 蛋白质结构类预测是生物信息和蛋白质科学中重要的研究领域.基于Chou提出的伪氨基酸离散模型框架,从蛋白质序列出发,设计一种新的伪氨基酸组成方法表示蛋白质序列样本.抽取氨基酸组合(10-D)在序列中出现的频率和疏水氨基酸模式(6-D)表示蛋白质序列的附加特征,用和传统的氨基酸组成(20-D)一起构成的36维的伪氨基酸组成向量来表示蛋白质序列的特征.使用遗传算法来优化附加特征的权重系数.伪氨基酸组成向量作为输入数据,模糊支持向量机作为预测工具.使用三个常用的标准数据集来验证算法的性能.Jack-knife检验结果说明本方法具有较高的准确率,有望成为潜在的预测蛋白质功能的工具. |
| 关 键 词： | 蛋白质结构类预测 伪氨基酸组成 模糊支持向量机 遗传算法 使用 氨基酸 组成 模糊支持向量机 预测工具 蛋白质 结构类 CLASSES PROTEIN STRUCTURE PREDICT SUPPORT VECTOR MACHINE FUZZY COMPOSITION 功能 准确率 方法 检验结果 算法的性能 验证 数据集 |
| 修稿时间： | 2007年5月1日 |
USING PSEUDO AMINO ACID COMPOSITION AND FUZZY SUPPORT VECTOR MACHINE TO PREDICT PROTEIN STRUCTURE CLASSES |
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| JIANG Xiao-ying,ZHU Jun-dong,LI Xiao-bo,ZHANG Tong-liang.USING PSEUDO AMINO ACID COMPOSITION AND FUZZY SUPPORT VECTOR MACHINE TO PREDICT PROTEIN STRUCTURE CLASSES[J].Acta Biophysica Sinica,2008,24(1):43-48. | |
| Authors: | JIANG Xiao-ying ZHU Jun-dong LI Xiao-bo ZHANG Tong-liang |
| Abstract: | |
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