| 基于k-tuple组合的酵母ncRNA与mRNA的比较研究 |
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| 引用本文： | 李华,应晓敏,查磊,李伍举.基于k-tuple组合的酵母ncRNA与mRNA的比较研究[J].生物物理学报,2006,22(2):110-116. |
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| 作者姓名： | 李华 应晓敏 查磊 李伍举 |
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| 作者单位： | 军事医学科学院基础医学研究所 北京100850 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(30470411)，北京市自然科学基金项目(5042021)~~ |
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| 摘 要： | ncRNA和mRNA一样,都是重要的功能分子。以k-tuple(k字)含量为特征,对酵母ncRNA成熟序列和mRNA的编码区、上游序列与下游序列进行了分类与比较研究,结果显示:基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple的含量,ncRNA和mRNA的交叉有效性分类精度(leave-one out cross-validation,LOOCV)平均值达到93.93%;基于上游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为92.49%和92.76%;基于下游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为91.58%和90.60%;利用上游序列和下游序列的4-tuple与5-tuple的含量,其平均分类精度分别为94.68%和94.83%;通过t检验,得到了在ncRNA和mRNA上、下游序列中具有显著统计学差异的k-tuple。上述结果表明,基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple含量和基于ncRNA与mRNA上、下游序列的4或5-tuple含量可以有效地区分ncRNA与mRNA。此研究结果不仅有助于准确识别ncRNA与mRNA,还有助于发现ncRNA特异的转录因子结合位点。
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| 关 键 词： | 酵母 非编码RNA k字含量 分类 |
| 收稿时间： | 2006-01-20 |
| 修稿时间： | 2006年1月20日 |
The comparison of the yeast ncRNA and mRNA based on k-tuple combinations |
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| LI Hua, YING Xiao-min, ZHA Lci, LI Wu-ju.The comparison of the yeast ncRNA and mRNA based on k-tuple combinations[J].Acta Biophysica Sinica,2006,22(2):110-116. |
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| Authors: | LI Hua YING Xiao-min ZHA Lci LI Wu-ju |
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| Institution: | Beijing Irutitute of Basic Medical Sciences, Beijing 100850, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Yeast ncRNA k-tuple content Classification |
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