| 噬菌体434单链阻遏蛋白高亲和力DNA配体的筛选和设计 |
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| 引用本文： | 梁铁兵,谭克辉,种康,朱至清,S.Pongor,A.Simoncsits.噬菌体434单链阻遏蛋白高亲和力DNA配体的筛选和设计[J].中国科学C辑,2001,31(3):220-229. |
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| 作者姓名： | 梁铁兵 谭克辉 种康 朱至清 S.Pongor A.Simoncsits |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院植物研究所,
2. International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology, |
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| 基金项目： | CGEB fellowship资助项目、中国科学院知识创新工程青年科学家小组资助项目、中国科学院知识创新工程重大资助项目和国家重点基础研究发展规划(批准号:
G1999011600)资助项目 |
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| 摘 要： | 单链阻遏蛋白R RTRES是噬菌体434阻遏蛋白的衍生物,含有两个DBD(DNA结合结构域),一个是野生型噬菌体434的DBD-R,另一个是突变型DBD-RTRES,二者用重组接头以头接尾的方式连接起来.RTRES的α-3-螺旋中-1,1,2,5位DNA结合氨基酸分别为T,R,E,S. 利用核心序列是CATACAAGAAAGNNNNNNTTTATG的随机DNA库, 体外循环筛选RTRES的DNA结合位点,将筛选到的群体克隆、测序.单链阻遏蛋白RRTRES的亲和力测定表明,最适操纵区序列含有TTAC或TTCC(上述画线部分)时,Kd值在10-12~10-11mol/L的范围.天然噬菌体434阻遏蛋白与其操纵区的亲和力的Kd值在10-9 mol/L数量级,与之相比,所筛选操纵区的亲和力明显提高.同时发现,亲和力大小还受到最适结合位点两侧碱基的影响,特别是5′位碱基的影响.根据RTRES的识别特性,设计了共有序列为GTAAGAAARNTTACN或GGAAGAAARNTTCCN (R为A或G)的单链阻遏蛋白RTRES RTRE的操纵区序列.结果表明,它们之间有特异性结合,且亲和力也很高.此方法可望用于其他DNA结合蛋白新的结合特异性的筛选.
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| 关 键 词： | 434噬菌体阻遏蛋白 单链阻遏蛋白 DNA-蛋白质相互作用 结合位点筛选 |
| 收稿时间： | 2000-08-27 |
| 修稿时间： | 2000年8月27日 |
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