金针菇成熟期和伸长期菌盖的转录组与蛋白组比较分析

菌盖是大型真菌的重要组成部分，也是其产生有性孢子的部位，但是其发育机制仍不明确。本研究以金针菇Flammulina filiformis为材料，采用转录组和蛋白组联合分析的方法，比较分析了金针菇成熟期和伸长期菌盖的差异基因与蛋白，并对其进行GO (gene ontology)功能聚类分析、KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析和蛋白互作网络分析。本研究筛选到差异表达基因有1 391个，差异表达蛋白147个，均以上调表达为主。GO功能聚类分析结果表明，催化活性(catalytic activity)条目富集基因最多，其次是细胞组分(cell part)、细胞过程(cellular process)和细胞器(organelle)。KEGG富集分析结果表明，差异表达基因和蛋白主要富集在碳水化合物代谢通路(carbohydrate metabolism)和氨基酸代谢通路(amino acid metabolism)等。本研究选取了9个关键的差异表达基因，使用实时荧光定量PCR (real-time quantitative PCR，RT-qPCR)对其表达量进行了验证。RT-qPCR验证结果与转录组测序结果相一致。蛋白互作网络分析表明，水解酶类、结构域类和转录调节类蛋白为互作网络的主要结点。本研究联合转录组、蛋白组测序数据，通过分析差异基因与蛋白，为深入了解金针菇菌盖发育机制提供数据参考。