广西主要养殖区内逃逸尼罗罗非鱼线粒体D-loop控制区序列分析 |
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引用本文: | 管嘉俊,韩卓君,郑惠芳,李文红,郭忠宝.广西主要养殖区内逃逸尼罗罗非鱼线粒体D-loop控制区序列分析[J].激光生物学报,2018(5):451-459. |
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作者姓名: | 管嘉俊 韩卓君 郑惠芳 李文红 郭忠宝 |
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作者单位: | 1.广西大学动物科学技术学院530052;2.广西水产科学研究院530021;3.广西高校水生生物健康养殖与营养调控重点实验室530005; |
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基金项目: | 广西自然科学基金项目(2015GXNSFAA139064);国家现代农业产业技术体系广西创新团队建设广西罗非鱼创新团队岗位(nycytxgxcxtd-08-03);广西科技创新驱动专项课题(桂科AA17204095-2);广西自治区直属公益性科研院所基本科研业务费(2060302CXIF-2016-14) |
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摘 要: | 为研究广西主养区域逃逸罗非鱼的遗传多样性,本研究对广西玉林、南宁、钦州、贵港、防城港、北海的六个地理群体的尼罗罗非鱼线粒体D-loop序列进行了分析比较。通过聚合酶链式反应(PCR)和测序,获得了广西玉林、南宁、钦州、贵港、防城港、北海等六个地理群体的尼罗罗非鱼线粒体D-loop序列,采用序列比对和构建系统进化树等生物信息学分析方法探讨了不同地区尼罗罗非鱼线粒体D-loop的多样性。测序结果表明,在得到的线粒体D-loop区序列中,四种碱基A、G、T、C的平均比例分别为32. 05%、20. 79%、33. 19%和13. 97%,其中碱基C含量最低,碱基T含量最高。C+G(34. 75%)的含量明显低于A+T(65. 25%)的含量。共检测到140个变异位点,其中转换为79个,颠换为42个,19个插入(缺失)位点。碱基替换与插入(缺失)的比为6. 39。在所测得的罗非鱼D-loop序列中成功识别保守序列CSB-2,CSB-3和相似序列CSB-1。系统进化分析表明,南宁地区罗非鱼的遗传距离值相对其它地区的遗传距离值较小,序列与参考序列最为接近,说明该区域罗非鱼的遗传分化程度最低;钦州地区逃逸尼罗罗非鱼的遗传距离相对其它地区间遗传距离值较远,在系统发育树中钦州地区罗非鱼也聚为整一小枝,说明钦州地区罗非鱼较其它区域有明显的遗传分化。
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关 键 词: | 广西 尼罗罗非鱼 线粒体DNA D-loop 逃逸 |
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