| k-gram方法识别microRNA前体 |
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| 引用本文： | 杨良怀,吕丕明,陈立军,邓明华.k-gram方法识别microRNA前体[J].生物化学与生物物理进展,2007,34(2):154-161. |
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| 作者姓名： | 杨良怀 吕丕明 陈立军 邓明华 |
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| 作者单位： | 浙江工业大学信息工程学院，杭州 310032；北京大学信息科学与技术学院，北京 100871;中国科学院研究生院，北京 100049;北京大学信息科学与技术学院，北京 100871;北京大学数学科学学院，北京 100871；北京大学理论生物中心，北京 100871 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(30570425), 国家重点基础研究发展计划(2003CB715903)资助项目. |
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| 摘 要： | MicroRNAs (miRNAs) 是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码RNA序列. 第一个miRNA是通过实验手段发现的，然而通过实验手段识别miRNA在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性. 因此，miRNA基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足. 提出了一个全新的miRNA前体的识别方法. 在构造识别模型中，把初级序列和序列二级结构相结合，采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中，然后通过特征选取方法提取特征，并用这些特征为miRNA前体的识别构造了基于SVM的识别模型. 同时，采用隐马尔可夫模型(HMM)的学习方法进行了比较. 实验结果表明，该方法是有效的，可以达到较高的敏感性和特异性.
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| 关 键 词： | microRNA，基因识别，支持向量机，隐马尔可夫模型，microRNA前体 |
| 收稿时间： | 2006/6/20 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2006-06-20 |
A k-gram Approach for Identifying MicroRNA Precursors |
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| YANG Liang-Huai, L&#; Pi-Ming, CHEN Li-Jun, DENG Ming-Hua.A k-gram Approach for Identifying MicroRNA Precursors[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2007,34(2):154-161. |
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| Authors: | YANG Liang-Huai L&#; Pi-Ming CHEN Li-Jun DENG Ming-Hua |
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| Institution: | College of Information Engineering, Zhejiang University of Technology, Hangzhou 310032, China;School of Electronics Engineering and Computer Science, Peking University, Beijing 100871, China;Graduate School of The Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China;School of Electronics Engineering and Computer Science, Peking University, Beijing 100871, China;School of Mathematics Sciences, Peking University, Beijing 100871, China;Center for Theoretical Biology, Peking University, Beijing 100871, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | microRNA gene identification support vector machine hidden Markov model microRNA precursor |
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