| 蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建 |
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| 引用本文： | 陆林,刘洋,李春华.蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建[J].生物化学与生物物理进展,2020,47(7):634-644. |
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| 作者姓名： | 陆林 刘洋 李春华 |
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| 作者单位： | 北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京工业大学生命科学与生物工程学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31971180, 11474013)和北京市自然科学基金(4152011) |
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| 摘 要： | 本文对来自PDB (Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构),并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性.结果发现,蛋白质β折叠、3_(10)-helix和RNA未配对核苷酸,尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸,具有显著的界面偏好性.据此,对二级结构进行归类,建立了考虑序列和二级结构信息的60×12氨基酸-核苷酸成对偏好势,并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选.结果表明,该60×12统计势的打分成功率为65.77%,优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势,及我们小组之前在251个结构上构建的60×8~*统计势.该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解,可推动复合物结构预测的进展.
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| 关 键 词： | 蛋白质-RNA相互作用，分子对接，统计势，界面偏好，二级结构 |
| 收稿时间： | 2020/1/5 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2020/5/18 0:00:00 |
Preferences of Sequence and Structure for Protein-RNA Interfaces and Its Application in Scoring Potential Construction for Docking |
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| LU Lin,LIU Yang and LI Chun-Hua.Preferences of Sequence and Structure for Protein-RNA Interfaces and Its Application in Scoring Potential Construction for Docking[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2020,47(7):634-644. |
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| Authors: | LU Lin LIU Yang and LI Chun-Hua |
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| Institution: | School of Life Science and Bioengineering,Beijing University of Technology,School of Life Science and Bioengineering,Beijing University of Technology,School of Life Science and Bioengineering,Beijing University of Technology |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Protein-RNA interactions Molecular docking Statistical potential Interface preference Secondary structure |
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