| 基于蛋白质基因组学方法的新抗原鉴定流程 |
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| 引用本文： | 李雨雨,王广志,陈兰明,谢鹭.基于蛋白质基因组学方法的新抗原鉴定流程[J].生物化学与生物物理进展,2019,46(7):711-718. |
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| 作者姓名： | 李雨雨 王广志 陈兰明 谢鹭 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学食品科学与技术学院，上海 201306;上海科学院，上海生物信息技术研究中心，上海 201203,上海海洋大学食品科学与技术学院，上海 201306;上海科学院，上海生物信息技术研究中心，上海 201203,上海海洋大学食品科学与技术学院，上海 201306,上海科学院，上海生物信息技术研究中心，上海 201203 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31870829）资助项目. |
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| 摘 要： | 肿瘤新抗原是免疫治疗的重要靶点,但基因组数据产生的候选新抗原数量庞大,预测假阳性肽段过多,实验验证费时费力,影响肿瘤新抗原的临床应用.本研究以乳腺癌为例,使用比转录组水平筛选更严格、比细胞学实验更省时的蛋白质基因组学方法来预测和筛选新抗原.研究发现,C2 (IFN-γdominant)免疫表型的新抗原数量最多. C2免疫表型显示出最高的M1/M2巨噬细胞极化,较强的CD8信号和最大的T细胞受体多样性,这可能导致产生更多具有良好免疫原性的新抗原.另外,我们还观察到乳腺癌肿瘤突变负荷与新抗原数目之间呈正相关.通过同批样本的质谱数据进一步筛选发现,可将两万级别的预测新抗原肽候选降至几十条表达肽段,进而可分析其对应的特异或广谱突变基因.最后,我们进一步分析了新抗原的免疫原性,即被T细胞受体识别的可能性.本文利用蛋白质组学数据对基因组数据计算预测得到的候选新抗原进一步筛选,提高了新抗原预测准确性,大大缩小后续实验验证范围.该流程可为肿瘤新抗原预测与筛选研究提供参考.
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| 关 键 词： | 蛋白质基因组学 新抗原 乳腺癌 |
| 收稿时间： | 2018/11/24 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2019/5/17 0:00:00 |
The Workflow of Neoantigen Identification Based on Proteogenomic Methodology |
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| LI Yu-Yu,WANG Guang-Zhi,CHEN Lan-Ming and XIE Lu.The Workflow of Neoantigen Identification Based on Proteogenomic Methodology[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2019,46(7):711-718. |
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| Authors: | LI Yu-Yu WANG Guang-Zhi CHEN Lan-Ming and XIE Lu |
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| Institution: | College of Food Science and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China; Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai Academy of Science and Technology, Shanghai 201203, China,College of Food Science and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China; Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai Academy of Science and Technology, Shanghai 201203, China,College of Food Science and Technology, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China,Shanghai Center for Bioinformation Technology, Shanghai Academy of Science and Technology, Shanghai 201203, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | proteogenomic neoantigen breast cancer |
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