| 一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用 |
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| 引用本文： | 潘超,苏运聪,杨睿,段会龙,邓宁.一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用[J].生物化学与生物物理进展,2015,42(1):82-90. |
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| 作者姓名： | 潘超 苏运聪 杨睿 段会龙 邓宁 |
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| 作者单位： | 浙江大学生物医学工程与仪器科学学院，生物医学工程教育部重点实验室，杭州 310027,浙江大学生物医学工程与仪器科学学院，生物医学工程教育部重点实验室，杭州 310027,浙江大学生物医学工程与仪器科学学院，生物医学工程教育部重点实验室，杭州 310027,浙江大学生物医学工程与仪器科学学院，生物医学工程教育部重点实验室，杭州 310027,浙江大学生物医学工程与仪器科学学院，生物医学工程教育部重点实验室，杭州 310027 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31100592)，国家高技术研究发展计划(863)(2012AA02A601, 2012AA02A602, 2012AA020201)，国家科技重大专项(2013ZX03005012) |
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| 摘 要： | 基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法.
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| 关 键 词： | 蛋白质组学 非标记定量分析 生物质谱 生物医学知识 |
| 收稿时间： | 7/4/2014 12:00:00 AM |
| 修稿时间： | 2014/10/21 0:00:00 |
A Mass Spectrometry-based Label-free Quantitative Approach Coupled With Complex Proteome Functional Analysis |
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| PAN Chao,SU Yun-Cong,YANG Rui,DUAN Hui-Long and DENG Ning.A Mass Spectrometry-based Label-free Quantitative Approach Coupled With Complex Proteome Functional Analysis[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2015,42(1):82-90. |
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| Authors: | PAN Chao SU Yun-Cong YANG Rui DUAN Hui-Long and DENG Ning |
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| Institution: | College of Biomedical Engineering and Instrument Science, Key Laboratory of Biomedical Engineering of Ministry of Education of China,Zhejiang University, Hangzhou 310027, China,College of Biomedical Engineering and Instrument Science, Key Laboratory of Biomedical Engineering of Ministry of Education of China,Zhejiang University, Hangzhou 310027, China,College of Biomedical Engineering and Instrument Science, Key Laboratory of Biomedical Engineering of Ministry of Education of China,Zhejiang University, Hangzhou 310027, China,College of Biomedical Engineering and Instrument Science, Key Laboratory of Biomedical Engineering of Ministry of Education of China,Zhejiang University, Hangzhou 310027, China and College of Biomedical Engineering and Instrument Science, Key Laboratory of Biomedical Engineering of Ministry of Education of China,Zhejiang University, Hangzhou 310027, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | proteomics label-free quantitative approach mass spectrometry biomedical knowledge |
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