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昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析
引用本文:石生林,姜义仁,杨瑞生,刘彦群,赵金莹,秦利.昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析[J].昆虫知识,2013,50(4):1020-1029.
作者姓名:石生林  姜义仁  杨瑞生  刘彦群  赵金莹  秦利
作者单位:1. 沈阳农业大学植物保护博士后流动站 沈阳110866;沈阳农业大学生物科学技术学院 沈阳110866;辽宁省昆虫资源工程技术研究中心 沈阳 110866
2. 沈阳农业大学生物科学技术学院沈阳110866;辽宁省昆虫资源工程技术研究中心 沈阳 110866
基金项目:现代农业产业技术体系专项
摘    要:昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子使用模式除碱基组成外还有其它影响因素;中性绘图分析表明碱基组成主要受选择压力影响,受突变影响较小。同一电泳型CPV之间比同一宿主CPV之间共有的偏好性密码子多。CPV基因组内10个基因组片段之间密码子偏好性存在差异。CPV密码子偏好性与宿主昆虫密码子偏好性存在差异,所有CPV与其宿主昆虫共有的偏好性密码子均较少。对应分析进一步证明碱基组成是影响密码子使用的主要因素,不同电泳型CPV具有不同的密码子使用模式。聚类分析表明同一电泳型CPV密码子使用模式相似,同一宿主CPV密码子使用模式差异较大。

关 键 词:有效密码子数  ENc-plot分析  中性绘图分析  对应分析  偏好性密码子

Analysis of synonymous codon usage patterns in insect cypoviruses
Abstract:
Keywords:effective number of codons  ENc-plot analysis  neutrality plot analysis  correspondence analysis  preferred codons
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