| 东方蜜蜂微孢子虫的基因结构优化及新基因鉴定 |
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| 引用本文： | 熊翠玲,童新宇,陈华枝,耿四海,庄天艺,郑燕珍,付中民,陈大福,赵红霞,郭睿.东方蜜蜂微孢子虫的基因结构优化及新基因鉴定[J].环境昆虫学报,2019,41(2):373-379. |
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| 作者姓名： | 熊翠玲 童新宇 陈华枝 耿四海 庄天艺 郑燕珍 付中民 陈大福 赵红霞 郭睿 |
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| 作者单位： | 福建农林大学蜂学学院,福州,350002;广东省生物资源应用研究所,广州,510260 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项;国家重点实验室开放基金;福建农林大学科技创新专项基金项目;福建农林大学科技创新专项基金项目;福建农林大学大学生创新创业训练计划项目;福建农林大学大学生创新创业训练计划项目 |
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| 摘 要： | 东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是一种寄生于蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对蜜蜂的健康危害严重,给世界各国的养蜂业造成较大损失。本研究基于前期获得的N.ceranae孢子的转录组数据对其已注释基因进行结构优化,并对未注释基因进行预测和分析。通过将测序得到的clean reads比对参考基因组和转录本重构,共对10个N.ceranae的已注释基因的5'端或3'端进行了延长。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共鉴定出27个新基因,随机挑选9个新基因进行RT-PCR验证,均能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的新基因真实存在。有6个新基因能够注释到GO数据库和6个基因注释到KEGG数据库。进一步分析结果显示上述新基因注释到细胞等10个GO条目上,它们可能在N.ceranae的生命活动中具有重要功能。研究结果为N.ceranae的基因结构和功能注释信息的完善提供了有益补充,也为新基因的功能研究打下了基础。
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| 关 键 词： | 东方蜜蜂微孢子虫 RNA-SEQ 已注释基因 结构优化 新基因 |
Optimization of gene structure and identification of novel genes in Nosema ceranae |
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| XIONG Cui-Ling,TONG Xin-Yu,CHEN Hua-Zhi,GENG Shi-Hai,ZHUANG Tian-Yi,ZHENG Yan-Zhen,FU Zhong-Min,CHEN Da-Fu,ZHAO Hong-Xia,GUO Rui.Optimization of gene structure and identification of novel genes in Nosema ceranae[J].Journal of Environmental Entomology,2019,41(2):373-379. |
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| Authors: | XIONG Cui-Ling TONG Xin-Yu CHEN Hua-Zhi GENG Shi-Hai ZHUANG Tian-Yi ZHENG Yan-Zhen FU Zhong-Min CHEN Da-Fu ZHAO Hong-Xia GUO Rui |
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| Institution: | (College of Bee Science,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China;Guangdong Institute of Applied Biological Resources,Guangzhou 510260,China) |
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| Abstract: | XIONG Cui-Ling;TONG Xin-Yu;CHEN Hua-Zhi;GENG Shi-Hai;ZHUANG Tian-Yi;ZHENG Yan-Zhen;FU Zhong-Min;CHEN Da-Fu;ZHAO Hong-Xia;GUO Rui(College of Bee Science,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China;Guangdong Institute of Applied Biological Resources,Guangzhou 510260,China) |
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| Keywords: | Nosema ceranae RNA-seq annotated gene structure optimization novel gene |
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