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| miR-15a靶基因的预测及生物信息学分析 | |
| 引用本文： | 张菁,邹淑雪,张茂林,关振宏,段铭.miR-15a靶基因的预测及生物信息学分析[J].生物技术通讯,2010,21(2):179-183. |
| 作者姓名： | 张菁 邹淑雪 张茂林 关振宏 段铭 |
| 作者单位： | 1. 湖南农业大学,动物医学院,湖南,长沙,410128;人兽共患病研究教育部重点实验室,吉林大学,人兽共患病研究所,吉林,长春,130062 2. 吉林大学,计算机科学与技术学院,吉林,长春,130012 3. 人兽共患病研究教育部重点实验室,吉林大学,人兽共患病研究所,吉林,长春,130062 |
| 摘 要： | 目的:对目前研究较为广泛的miR-15a的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,以期为miR-15a靶基因的实验验证提供数据支持,并为深入研究miR-15a的调控机制及生物学功能奠定基础和提供理论指导。方法:选择TargetScan5.1与PicTar两种计算方法预测miR-15a的靶基因的交集作为分析的基因集合,分别进行GO注释描述、GO富集分析和生物通路富集分析。结果与结论:预测靶基因集合分别富集在转录调控、蛋白质修饰、细胞周期等生物学过程和蛋白激酶活性等分子功能上(P0.01);经典miR-15a预测靶基因集合显著富集于KEGG通路数据库中的Wnt信号通路、细胞周期和p53信号通路等5个信号转导通路及前列腺癌、慢性髓细胞性白血病、黑素瘤等7个疾病通路中(P0.05)。 |
| 关 键 词： | miRNA 靶基因 生物信息学 |
Bioinformatics Analysis and Prediction of miR-15a Target Genes |
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| ZHANG Jing,ZOU Shu-Xue,ZHANG Mao-Lin,GUAN Zhen-Hong,DUAN Ming.Bioinformatics Analysis and Prediction of miR-15a Target Genes[J].Letters in Biotechnology,2010,21(2):179-183. | |
| Authors: | ZHANG Jing ZOU Shu-Xue ZHANG Mao-Lin GUAN Zhen-Hong DUAN Ming |
| Institution: | ZHANG Jing1,2,ZOU Shu-Xue3,ZHANG Mao-Lin2,GUAN Zhen-Hong2,DUAN Ming2 1.College of Veterinary Medicine,Hunan Agricultural University,Changsha 410128,2.Key Laboratory of Zoonoses,Ministry of Education,Institute of Zoonoses,Jilin University,Changchun 130062,3.College of Computer Science , Technology,Changchun 130012,China |
| Abstract: | Objective:The bioinformatics software and database were applied to predict and analyze target genes of miR-15a,in order to lay foundation and provide theoretical basis for experiments.Methods:TargetScan 5.1 and PicTar algorithm were used to predict target genes of miR-15a,and the intersection of the two results as gene set was analyzed by GO annotation,GO overrepresentation and pathway overrepresentation.Result & Conclusion:The gene set mainly existed in post-translational protein modification,cell cycle an... |
| Keywords: | miRNA |
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