猪流行性腹泻病毒感染PK-15细胞miRNA的差异表达分析

为研究猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diahorrea virus,PEDV)对猪肾传代细胞PK-15miRNA表达谱的影响,将PEDV感染PK-15细胞后,提取总RNA,进行高通量测序,构建感染与未感染PEDV的PK-15细胞的miRNA表达谱,并进行差异性分析,对表达差异显著的miRNA进行heatmap聚类分析及GO(Gene ontology,GO)分子功能(Molecular function,MF)分析,选取10个显著性差异表达的miRNA通过RT-qPCR进行了验证。结果发现,显著性差异表达的miRNA有214个,其中175个miRNA表达上调,39个miRNA表达下调。Heatmap聚类分析表明,病毒组绝大部分差异表达的miRNA较对照组表达量上调,少部分下调。GO分析表明,miRNA广泛参与结合、蛋白结合、蛋白激酶活性、转移酶活性、含磷基团转移、磷酸转移酶活性等生物作用。RT-qPCR验证的各miRNA的表达趋势与高通量测序结果一致。结果表明,猪流行性腹泻病毒感染对PK-15细胞编码的miRNA表达水平有显著影响,从而对进一步研究治疗PEDV的miRNA制剂提供新思路。