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鸡传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列分析
引用本文:胡北侠,杨少华,张秀美,张伟,曹三杰,许传田,黄庆华,张琳,黄艳艳.鸡传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列分析[J].病毒学报,2014,30(4).
作者姓名:胡北侠  杨少华  张秀美  张伟  曹三杰  许传田  黄庆华  张琳  黄艳艳
作者单位:四川农业大学动物医学院,雅安625014;山东省农业科学院畜牧兽医研究所,山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室,济南250100;山东省农业科学院畜牧兽医研究所,山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室,济南250100;四川农业大学动物医学院,雅安625014
基金项目:山东省自然基金(ZR2009DQ015);现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-42)联合资助
摘    要:为了明确传染性性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)分离株CK/CH/SD09/005的分子特征,以进一步丰富国内IBV的分子流行病学信息。本研究设计了25对引物对其全基因组进行了序列测定,并与参考株进行了同源性比较和S1基因遗传进化分析。结果显示CK/CH/SD09/005基因组为27 691bp(不包括5′端Cap和3′端Poly A)。全基因组同源性比对发现,CK/CH/SD09/005仅与GenBank中广西2009年分离株GX-NN09032各基因高度同源(97%~99%)。除GX-NN09032外,CK/CH/SD09/005基因组5′端复制酶基因(Gene 1)和3′端非转录区(Untranslated region,UTR)与2个QX基因型参考株ck/CH/LDL/091022和SDIB821/2012同源性最高,分别为97%和98%,但是3′端结构蛋白和非结构蛋白基因(S-3a-3b-3c/E-M-5a-5b-N)与这两个毒株同源性较低,仅为72%~90%。其ORF3c/E、5a、5b和N分别与韩国分离株1011、国内分离株CK/CH/LXJ/02I、DK/CH/HN/ZZ2004和YX10同源性最高,分别为97%、96%、99%和96%,而其ORF3a、3b和M与参考株同源性均低于90%。S1基因遗传进化分析发现,CK/CH/SD09/005和国内外39个参考株形成7个进化分支(基因型),CK/CH/SD09/005和2007以来几个分离株属于基因Ⅳ型,与其它6个基因型参考株S1和S2基因同源性为66%~69%和72%~81%,S1基因不仅表现广泛性点突变,而且有多处碱基插入和缺失,S2仅表现点突变。本研究结果表明CK/CH/SD09/005是一个变异株,可能是QX基因型IBV流行株与其它毒株重组进化而来,此外还涉及基因突变、插入和缺失等多种变异机制。

关 键 词:传染性支气管炎病毒  变异株  基因组  序列分析
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