猪源脑心肌炎病毒GXLC株全基因组序列测定与分析

对猪源脑心肌炎病毒(EMCV)GXLC株进行全基因组克隆、测序和分析。采用RT-PCR技术分段扩增基因组可读框(ORF),应用3'-RACE和5'-RACE技术扩增3'-UTR和5'-UTR,分别对扩增片段进行克隆和测序,经拼接后获得GXLC株全基因组序列,共7725个核苷酸。与NCBI GenBank登录的国内外参考毒株进行同源性比较及系统进化分析结果表明,GXLC株与GX0601、GX0602、BJC3、HB1等国内分离株以及CBNU、K3、K11、BEL-2887A、EMCV-R、PV21等国外分离株同源性达99%以上;基于全基因组、结构蛋白及非结构蛋白基因序列绘制的系统进化树拓扑结构图相近,所有EMCV分离株可分成两个群:I群和II群,I群可细分为Ia亚群和Ib亚群,其中猪源EMCV属于Ia或Ib亚群、鼠源EMCV属于Ia亚群、野猪源EMCV属于II群,GXLC株与其它中国分离株均属于Ia亚群。