| 15,665个黄瓜EST-SSR位点的引物设计及多态性检测 |
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| 引用本文： | 段紫英,胡丽芳,黄长干,蒋伦伟,刘世强.15,665个黄瓜EST-SSR位点的引物设计及多态性检测[J].生物技术世界,2012(5):51-52. |
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| 作者姓名： | 段紫英 胡丽芳 黄长干 蒋伦伟 刘世强 |
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| 作者单位： | 江西农业大学理学院;江西农业大学农学院作物生理生态与遗传育种教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 江西省教育厅基金(GJJ10111);江西农业大学自由申请项目(2009)资助 |
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| 摘 要： | 目前,国际公共数据库中黄瓜EST序列数量的迅速增加为SSR标记的开发提供了极为便利的资源。本研究从葫芦科基因组数据库下载513,801条黄瓜EST,经EST-trimmer软件和CD-HIT程序预处理,共获得381,022条非冗余EST。利用Perl程序MISA搜索到SSR位点15,665个,检出率为4.11%。利用Primer3软件成功设计了9,145对黄瓜EST-SSR引物,随机抽取10对引物对5个黄瓜品种进行多态性分析发现,其中仅2对引物能检测到多态性。该数据为下一步开发新的黄瓜EST-SSR标记奠定了一定的基础。
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| 关 键 词： | 黄瓜 EST SSR |
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