| 茄子TCP基因家族全基因组的鉴定与分析 |
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| 引用本文： | 杨婷,黎成,申佳瑜,庄彬贤,温永仙.茄子TCP基因家族全基因组的鉴定与分析[J].生物工程学报,2022,38(8):2974-2988. |
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| 作者姓名： | 杨婷 黎成 申佳瑜 庄彬贤 温永仙 |
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| 作者单位： | 福建农林大学 农学院, 福建 福州 350028;福建省作物设计育种重点实验室, 福建 福州 350003;福建农林大学 计算机与信息学院, 福建 福州 350002;福建农林大学 计算机与信息学院, 福建 福州 350002;福建农林大学 统计与应用研究所, 福建 福州 350002 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(32071892)；福建省农林大学科技创新专项基金(CXZX2020109A) |
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| 摘 要： | TCP (teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子是植物特有转录因子家族，在植物整个生长发育过程中都有着很重要作用。目前，在茄子(Solanum melongena L.)中还没有关于TCP转录因子的相关报道。本研究利用生物信息学方法在茄子基因组数据库中鉴定出分布于11条染色体上的29个茄子TCP家族基因(eggplant TCP,SmTCP)。研究结果显示，该家族所有成员均含有编码TCP保守结构域的序列。这些成员氨基酸长度范围为201–538 aa，外显子数为1或2。亚细胞定位显示，有3个SmTCP (SmTCP02/03/21)蛋白位于细胞质中，其他SmTCP蛋白都位于细胞核中。系统发育树和序列特征分析均将29个SmTCP基因分成ClassⅠ(PCF)和ClassⅡ(CIN和CYC/TB1)两大类。共线性分析发现，17对(21个)SmTCP基因存在共线性关系，且这些存在共线性关系的基因都属于片段复制。基因表达模式分析显示，29个SmTCP基因家族成员在15个组织或器官中都有表达，但是不同成员的表达模式存在差异，其中CIN亚家族的4个基因(SmTCP18/19/20/25)在3个不同生长期的叶片中均较高表达。SmTCP启动子区域的顺式作用元件分析共发现4类顺式作用元件。本研究从多个角度分析了SmTCP基因分子基础，研究了TCP转录因子对茄子生长发育的影响，为茄子分子育种提供理论参考。
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| 关 键 词： | 茄子 TCP基因家族 基因结构 进化分析 组织表达 |
| 收稿时间： | 2022/2/17 0:00:00 |
Genome-wide identification and analysis of the TCP gene family in eggplant (Solanum melongena L.) |
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| YANG Ting,LI Cheng,SHEN Jiayu,ZHUANG Binxian,WEN Yongxian.Genome-wide identification and analysis of the TCP gene family in eggplant (Solanum melongena L.)[J].Chinese Journal of Biotechnology,2022,38(8):2974-2988. |
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| Authors: | YANG Ting LI Cheng SHEN Jiayu ZHUANG Binxian WEN Yongxian |
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| Institution: | College of Agronomy, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350028, Fujian, China;Fujian Key Laboratory of Crop Breeding by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350003, Fujian, China;College of Computer and information Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China; College of Computer and information Science, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China;Institute of Statistics and Applications, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | eggplant TCP gene family gene structure evolutionary analysis tissue expression |
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