| 基于修正的伪氨基酸组成预测氧化还原酶辅酶类型 |
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| 引用本文： | 张光亚,李红春,方柏山.基于修正的伪氨基酸组成预测氧化还原酶辅酶类型[J].生物工程学报,2008,24(8):1439-1445. |
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| 作者姓名： | 张光亚 李红春 方柏山 |
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| 作者单位： | 华侨大学生物工程与技术系,泉州,362021 |
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| 基金项目： | 福建省自然科学基金项目(No. 2007J0360), 高等学校博士学科点专项科研基金项目(No. 20070385001)资助。 |
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| 摘 要： | 从序列出发快速确定氧化还原酶的辅酶依赖类型对于了解其结构和功能、催化机制及构建辅酶再生体系具有重要指导作用。对Chou提出的伪氨基酸组成方法进行了修正并用于提取氧化还原酶序列特征值, 采用k-近邻算法预测其辅酶依赖类型。当λ=48, w=0.1时, 10倍交叉验证结果表明: 其ROC曲线下面积为0.9536, 预测精度达92.0%, 比最优条件下伪氨基酸组成预测精度提高了3.5%; 与其他7种常见特征值提取方法相比, 修正的伪氨基酸组成表现最好。结果表明从序列出发预测氧化还原酶辅酶依赖类型是可行的, 且修正的伪氨基酸组成可望成为一种新的有效提取蛋白质序列特征值方法。
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| 关 键 词： | 氧化还原酶 辅酶依赖类型 修正的伪氨基酸组成 k-近邻 ROC曲线下面积 |
| 收稿时间： | 2007/12/10 0:00:00 |
Predicting the Cofactors of Oxidoreductases by the Modified Pseudo-amino Acid Composition |
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| Guangya Zhang,Hongchun Li and Baishan Fang.Predicting the Cofactors of Oxidoreductases by the Modified Pseudo-amino Acid Composition[J].Chinese Journal of Biotechnology,2008,24(8):1439-1445. |
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| Authors: | Guangya Zhang Hongchun Li and Baishan Fang |
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| Institution: | Institute of Industrial Biotechnology, Huaqiao University, Quanzhou 362021, China;Institute of Industrial Biotechnology, Huaqiao University, Quanzhou 362021, China;Institute of Industrial Biotechnology, Huaqiao University, Quanzhou 362021, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | oxidoreductases cofactor independency type modified pseudo-amino acid composition k-nearest neighbor areas under the ROC curve |
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