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甜菜BvHAK基因家族全基因组鉴定及其在盐处理下的表达分析
引用本文:杨小涵,伍国强,魏明,王北辰.甜菜BvHAK基因家族全基因组鉴定及其在盐处理下的表达分析[J].生物工程学报,2022,38(10):3773-3789.
作者姓名:杨小涵  伍国强  魏明  王北辰
作者单位:兰州理工大学 生命科学与工程学院, 甘肃 兰州 730050
基金项目:国家自然科学基金(31860404,32160466);甘肃省科技重大专项计划子课题(21ZD3NA001-3);兰州市科技计划项目(2021-1-1765)
摘    要:高亲和性K+转运蛋白(high-affinity K+ transporter,HAK)是植物中最重要的K+转运蛋白家族之一,在植物K+吸收和转运过程中发挥重要功能。为探究甜菜BvHAK基因家族成员生物学功能及基因表达模式,采用生物信息学手段,预测了蛋白质的理化性质、基因结构、染色体定位、系统进化、保守基序、三维结构、互作网络、启动子顺式作用元件,并通过qRT-PCR分析了盐胁迫下BvHAKs基因在甜菜不同组织中的表达水平。共鉴定出10个甜菜BvHAK基因家族成员,含有8-10个外显子、7-9个内含子;平均氨基酸个数为778.30,平均分子量为88.31 kDa,等电点为5.38-9.41,跨膜区为11-14个。BvHAK4-5-7-13定位在质膜,而其余定位在液泡膜。系统进化分析发现,高等植物HAK可分为5个簇,分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ簇,其中Ⅱ簇成员可进一步分为Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc等3个亚簇;BvHAK家族成员则分布在前4簇,分别含有1、6、1和2个成员。甜菜BvHAK基因家族主要含有胁迫响应元件、激素响应元件和生长发育响应元件。进一步对BvHAK基因在盐处理下甜菜不同组织中的表达模式分析发现,50和100 mmol/L NaCl不同程度地诱导甜菜地上部和根部BvHAK基因家族成员的表达;高盐(150 mmol/L)则下调了其在地上部的表达水平。这些结果表明,BvHAK基因家族在响应盐胁迫过程中起重要作用。

关 键 词:甜菜  高亲和性K+转运蛋白  HAK基因家族  顺式作用元件  耐盐性
收稿时间:2022/4/5 0:00:00

Genome-wide identification of BvHAK gene family in sugar beet (Beta vulgaris) and their expression analysis under salt treatments
YANG Xiaohan,WU Guoqiang,WEI Ming,WANG Beichen.Genome-wide identification of BvHAK gene family in sugar beet (Beta vulgaris) and their expression analysis under salt treatments[J].Chinese Journal of Biotechnology,2022,38(10):3773-3789.
Authors:YANG Xiaohan  WU Guoqiang  WEI Ming  WANG Beichen
Institution:School of Life Science and Engineering, Lanzhou University of Technology, Lanzhou 730050, Gansu, China
Abstract:
Keywords:sugar beet (Beta vulgaris)  high-affinity K+ transporter  HAK gene family  cis-acting element  salt tolerance
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