| 结合三代测序与二代测序技术揭示蜜蜂球囊菌孢子转录组的复杂性 |
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| 引用本文： | 孙明会,刘佳美,王思懿,朱乐冉,王紫馨,叶亚萍,钱加珺,顾小雨,徐细建,陈大福,郭睿,徐国钧.结合三代测序与二代测序技术揭示蜜蜂球囊菌孢子转录组的复杂性[J].微生物学报,2022,62(8):2981-2994. |
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| 作者姓名： | 孙明会 刘佳美 王思懿 朱乐冉 王紫馨 叶亚萍 钱加珺 顾小雨 徐细建 陈大福 郭睿 徐国钧 |
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| 作者单位： | 福建农林大学动物科学学院(蜂学学院), 福建 福州 350002;江西省养蜂研究所, 江西 南昌 330000;福建农林大学动物科学学院(蜂学学院), 福建 福州 350002;福建农林大学蜂疗研究所, 福建 福州 350002 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31702190);财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系(CARS-44-KXJ7);福建农林大学硕士生导师团队项目(郭睿);江西省蜜蜂生物学与饲养重点实验室开放基金(JXKLHBB-2020-04);福建省病原真菌与真菌毒素重点实验室开放课题(郭睿) |
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| 摘 要： | 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在利用PacBio单分子实时(singlemoleculereal-time,SMRT)测序技术对蜜蜂球囊菌孢子(AaS)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)以及长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)进行鉴定和分析，进而揭示蜜蜂球囊菌孢子中转录组的复杂性。【方法】采用Suppa软件对蜜蜂球囊菌孢子中基因的AS事件进行鉴定。通过RT-PCR对不同类型的AS事件进行验证。采用TAPIS pipeline对蜜蜂球囊菌孢子基因的APA位点进行鉴定。利用MEME软件分析孢子全长转录本的poly(A)剪接位点上游50bp的序列特征并鉴定motif。联用CPC和CNCI软件和比对Swiss-prot数据库的方法预测lncRNA，取三者的交集作为高可信度的lncRNA集合。进一步比较lncRNA和mRNA的转录本长度，外显子数量与长度，内含子长度，GC含...
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| 关 键 词： | 蜜蜂球囊菌 PacBio测序 可变剪接 可变多聚腺苷酸化 长链非编码RNA 剪接异构体 |
| 收稿时间： | 2021/11/19 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/12/8 0:00:00 |
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