| 米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建与对接 |
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| 引用本文： | 陈宏文,苟元波,张卡,方柏山.米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建与对接[J].微生物学报,2011,51(7):948-955. |
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| 作者姓名： | 陈宏文 苟元波 张卡 方柏山 |
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| 作者单位： | 1. 华侨大学化工学院生物工程与技术系,厦门,361021
2. 厦门大学化学化工学院,厦门,361005 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(20676048);教育部留学回国人员科研启动基金(2010);福建省自然科学基金(D0810015);福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划(07FJRC03);华侨大学基本科研业务费专项基金(JB-2R1112) |
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| 摘 要： | 目的]研究米曲霉木糖醇脱氢酶基因的结构与功能.方法]克隆测序来源于米曲霉的木糖醇脱氢酶(XDH)基因,利用Swiss-MODEL和Modeller对XDH进行三级结构模建,通过PROCHECK和Prosa2003对得到的4个目标模型进行评价,从中得到一个最佳模型.在同源建模的基础上,通过分子对接软件MolsoftICM-Pro,对辅因子进行对接,预测了XDH与NAD+、Zn2+作用的相关残基.寻找底物木糖醇与XDH结合的可能活性口袋,用Molsoft模拟XDH与木糖醇的对接,预测了酶与底物作用的关键氨基酸残基.结果]结构分析显示,米曲霉XDH含有醇脱氢酶家族锌指纹结构和典型醇脱氢酶Rossmann折叠的辅酶结合域,属于Medium-chain脱氢酶(MDR)家族.通过对接研究,预测了XDH与NAD+之间形成氢键的氨基酸有Asp206、Arg211、Ser255、Ser301和Arg303,这些氨基酸位于结合域,与Zn2+形成氢键的氨基酸有His72和Glu73,位于催化域,与天然底物木糖醇形成氢键的氨基酸有Ile46、Ile349、Lys350和Thr351,位于催化域.结论]所得信息对XDH分子定向改造、拓展米曲霉工业应用范围有重要意义.
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| 关 键 词： | 木糖醇脱氢酶 米曲霉 同源建模 分子对接 |
| 收稿时间： | 2011/1/25 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2011/3/29 0:00:00 |
Homology modeling and molecular docking of xylitol dehydrogenase from Aspergillus Oryzae |
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| Hongwen Chen,Yuanbo Gou,Ka Zhang and Baishan Fang.Homology modeling and molecular docking of xylitol dehydrogenase from Aspergillus Oryzae[J].Acta Microbiologica Sinica,2011,51(7):948-955. |
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| Authors: | Hongwen Chen Yuanbo Gou Ka Zhang and Baishan Fang |
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| Institution: | Hongwen Chen1,Yuanbo Gou1,Ka Zhang1,Baishan Fang2 1 Department of Bioengineering & Biotechnology,College of Chemical Engineering,Huaqiao University,Xiamen 361021,China 2 College of Chemistry and Chemical Engineering,Xiamen University,Xiamen 361005,China |
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| Abstract: | Objective]We investigated the structure model and function of xylitol dehydrogenase from Aspergillus oryzae.Methods] Xylitol dehydrogenase(XDH) gene from Aspergillus oryzae was cloned and sequenced.We constructed four tertiary structure models of XDH by homology modeling with Swiss-MODEL and Modeller and obtained the best quality model by evaluation of PROCHECK and Prosa2003.The dockings of NAD+,Zn2+ and xylitol with XDH were performed by Molsoft program.Results] Structure analysis suggested that XDH was... |
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| Keywords: | Xylitol dehydrogenase Aspergillus oryzae homology modeling molecular docking |
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