| 基于AlphaFold 2和分子对接探讨非还原型聚酮合酶的碳甲基化程序 |
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| 引用本文： | 廖世玉,刘庆培,陈福生.基于AlphaFold 2和分子对接探讨非还原型聚酮合酶的碳甲基化程序[J].微生物学报,2024,64(1):143-160. |
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| 作者姓名： | 廖世玉 刘庆培 陈福生 |
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| 作者单位： | 1. 华中农业大学农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室;2. 华中农业大学食品科学与技术学院;3. 中南民族大学药学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31730068,31330059)~~； |
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| 摘 要： | 【目的】探讨非还原型聚酮合酶(non-reducing polyketide synthase, NR-Pks)的碳甲基化程序差异的原因。【方法】以红色红曲菌(Monascus ruber) M7中红曲色素和桔霉素的NR-Pks为研究对象，采用生物信息学方法和AlphaFold 2软件，分析了这两种NR-Pks及其各结构域的序列和结构差异。再基于分子对接等技术，比较了它们的碳甲基转移酶结构域(C-methyltransferase domain,CMeT)分别与其他结构域及其中间产物的结合特征。【结果】两种NR-Pks各结构域的序列和结构相似性高，但其整体结构差异大，表明碳甲基化差异可能源于结构域互作差异。进一步分析发现，桔霉素Pks的CMeT比红曲色素Pks的更容易结合携带底物的酰基载体蛋白结构域(acylcarrier protein,ACP)，使其中间产物更容易受到CMeT催化。CMeT和β-酮酰基合成酶结构域(β-ketosynthase domain, KS)相比，与甲基受体底物的结合自由能更低。【结论】NR-Pks中的CMeT能通过与KS竞争，从而影响其产物的碳甲基化程度。...
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| 关 键 词： | 非还原型聚酮合酶 红曲菌 碳甲基转移酶 AlphaFold 2 分子对接 |
| 收稿时间： | 2023/5/13 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2023/8/28 0:00:00 |
C-methylation programming of non-reducing polyketide synthases: based on AlphaFold 2 and molecular docking |
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| LIAO Shiyu,LIU Qingpei,CHEN Fusheng.C-methylation programming of non-reducing polyketide synthases: based on AlphaFold 2 and molecular docking[J].Acta Microbiologica Sinica,2024,64(1):143-160. |
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| Authors: | LIAO Shiyu LIU Qingpei CHEN Fusheng |
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| Institution: | National Key Laboratory of Agricultural Microbiology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, Hubei, China;College of Food Science and Technology, Huazhong Agricultural University, Wuhan 430070, Hubei, China;School of Pharmaceutical Sciences, South-Central Minzu University, Wuhan 430070, Hubei, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | non-reducing polyketide synthase Monascus spp C-methyltransferase AlphaFold 2 molecular docking |
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