| 转录组学分析盐单胞菌四氢嘧啶合成代谢相关的表达差异基因与qRT-PCR验证 |
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| 引用本文： | 张鑫,王智博,缪增强,邢江娃,王嵘,李永臻,朱德锐,沈国平.转录组学分析盐单胞菌四氢嘧啶合成代谢相关的表达差异基因与qRT-PCR验证[J].微生物学报,2022,62(3):1083-1098. |
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| 作者姓名： | 张鑫 王智博 缪增强 邢江娃 王嵘 李永臻 朱德锐 沈国平 |
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| 作者单位： | 青海大学医学院基础医学研究中心, 青海 西宁 810016 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31860030，21967018）；青海省重点研发与转化计划（2019SF121）；青海省基础应用研究计划（2020ZJ767）；高原特色盐湖生物资源的集成研发与转化团队计划（2018KYT1） |
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| 摘 要： | 【目的】探究盐适应条件下坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis)的差异基因表达水平，挖掘四氢嘧啶(ectoine)合成代谢相关联的差异基因。【方法】设置无盐组NS (0 mol/L NaCl)、中盐组MS (1.5 mol/L NaCl)和高盐组HS (2.5 mol/L NaCl)，培养H. campaniensis XH26菌株，利用IlluminaHiSeq测序进行转录组学分析，筛选四氢嘧啶合成代谢关联的差异基因，并进行qRT-PCR验证。【结果】菌株XH26胞内四氢嘧啶的积累量与盐度变化密切相关，1.5mol/LNaCl时积聚量最大为419.2mg/L。转录组测序(n=3/组)能定位到基因组测序序列的数量统计为87.24%–95.87%，共注释操纵子748个(涉及2 182个基因)，转录起始-终止位点941个，预测新转录本456个，上调基因385个和下调基因326个(涉及245个KEGG通路)。组间NSvsMS分析表明，合成基因ectABC和lysC表达上调以促进四氢嘧啶生成，关联基因gltB、gltD、davT、hisD、alh-9、betA、acnB...
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| 关 键 词： | 坎帕尼亚盐单胞菌 Illumina HiSeq 四氢嘧啶 盐适应 转录组分析 qRT-PCR |
| 收稿时间： | 2021/7/6 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2021/9/30 0:00:00 |
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