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基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构
引用本文:杨金伟,骆志刚,方小永,王金华,唐可成.基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构[J].微生物学报,2008,24(4):659-664.
作者姓名:杨金伟  骆志刚  方小永  王金华  唐可成
作者单位:国防科学技术大学计算机学院, 湖南 410073;国防科学技术大学计算机学院, 湖南 410073;国防科学技术大学计算机学院, 湖南 410073;国防科学技术大学计算机学院, 湖南 410073;国防科学技术大学计算机学院, 湖南 410073
基金项目:国家自然科学基金(No. 60673018)和湖南省自然科学基金(No. 06JJ4123)资助。
摘    要:RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列(ClustalW比对和结构比对)测试此方法, 侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息, 并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分, 通过逐步迭代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明, 此方法能正确预测伪结, 其平均敏感性和特异性优于参考算法, 并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响, 发现权重因子比值在l1: l2=5:1时, 预测性能达到最优。

关 键 词:RNA二级结构、伪结、堆积协变信息、最小自由能

Predicting RNA Secondary Structures Including Pseudoknots by Covariance with Stacking and Minimum Free Energy
Jinwei Yang,Zhigang Luo,Xiaoyong Fang,Jinhua Wang and Kecheng Tang.Predicting RNA Secondary Structures Including Pseudoknots by Covariance with Stacking and Minimum Free Energy[J].Acta Microbiologica Sinica,2008,24(4):659-664.
Authors:Jinwei Yang  Zhigang Luo  Xiaoyong Fang  Jinhua Wang and Kecheng Tang
Institution:College of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China;College of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China;College of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China;College of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China;College of Computer Science, National University of Defense Technology, Changsha 410073, China
Abstract:
Keywords:RNA secondary structure  pseudoknots  covariance with stacking  minimum free energy
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