| 瘤胃细菌GH48家族糖苷水解酶基因多样性 |
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| 引用本文： | 李劲亭,苏小运,田彦,董志扬,胡松年,黄力,戴欣.瘤胃细菌GH48家族糖苷水解酶基因多样性[J].微生物学报,2014,54(1):53-61. |
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| 作者姓名： | 李劲亭 苏小运 田彦 董志扬 胡松年 黄力 戴欣 |
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| 作者单位： | 中国科学院微生物研究所，微生物资源前期开发国家重点实验室，北京100101;中国科学院微生物研究所，微生物资源前期开发国家重点实验室，北京100101;中国科学院北京基因组研究所，北京100101;中国科学院微生物研究所，微生物资源前期开发国家重点实验室，北京100101;中国科学院北京基因组研究所，北京100101;中国科学院微生物研究所，微生物资源前期开发国家重点实验室，北京100101;中国科学院微生物研究所，微生物资源前期开发国家重点实验室，北京100101 |
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| 基金项目： | 国家“863 计划”(2011CB100804) |
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| 摘 要： | 【目的】了解瘤胃细菌第48家族糖苷水解酶基因(GH48)多样性,为木质纤维素高效降解提供新的基因资源。【方法】通过基因序列比对,设计gh48的简并引物;同时提取两个瘤胃样品的总DNA和总RNA,并将总RNA逆转录成cDNA。以总DNA和cDNA为模板,通过PCR扩增分别建立克隆文库并对克隆文库进行测序;对所得序列进行out种类划分和聚类分析。【结果】本研究共得到了455条编码GH48家族蛋白的基因序列,核苷酸序列之间的相似性为58.65%-100%。对序列的进一步分析表明,89%可以作为区分其种类的界定标准。以此为依据确定所得到的基因序列分别编码66种不同的GH48家族蛋白,分别聚为5个相对独立的类群,其中新类群C中OTU65所代表的序列是cDNA克隆文库中的优势序列,分别占两个cDNA克隆文库的36.4%和19.5%。我们的结果揭示瘤胃细菌gh48基因具有丰富的多样性,同时,其中也存在优势表达的GH48家族蛋白。
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| 关 键 词： | 瘤胃细菌 木质纤维素降解 GH 糖苷水解酶 多样性 |
| 收稿时间： | 2013/4/27 0:00:00 |
| 修稿时间： | 6/7/2013 12:00:00 AM |
Gene diversity of the bacterial 48 family glycoside hydrolase(GH48) in rumen environment |
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| Jingting Li,Xiaoyun Su,Yan Tian,Zhiyang Dong,Songnian Hu,Li Huang and Xin Dai.Gene diversity of the bacterial 48 family glycoside hydrolase(GH48) in rumen environment[J].Acta Microbiologica Sinica,2014,54(1):53-61. |
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| Authors: | Jingting Li Xiaoyun Su Yan Tian Zhiyang Dong Songnian Hu Li Huang and Xin Dai |
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| Institution: | Jingting Li;Xiaoyun Su;Yan Tian;Zhiyang Dong;Songnian Hu;Li Huang;Xin Dai;State Key Laboratory of Microbial Resource,Institute of Microbiology,Chinese Academy of Sciences;University of Chinese Academy of Sciences;Beijing Institute of Genomics,Chinese Academy of Sciences; |
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