| 地中海富盐菌中非编码RNA的鉴定与分析 |
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| 引用本文： | 王磊,程飞跃,赵大贺,杨海波,向华.地中海富盐菌中非编码RNA的鉴定与分析[J].微生物学报,2017,57(2):220-228. |
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| 作者姓名： | 王磊 程飞跃 赵大贺 杨海波 向华 |
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| 作者单位： | 中国科学院微生物研究所, 微生物资源前期开发国家重点实验室, 北京 100101,中国科学院微生物研究所, 微生物资源前期开发国家重点实验室, 北京 100101;中国科学院大学, 北京 100049,中国科学院微生物研究所, 微生物资源前期开发国家重点实验室, 北京 100101;中国科学院大学, 北京 100049,中国科学院微生物研究所, 微生物资源前期开发国家重点实验室, 北京 100101;中国科学院大学, 北京 100049,中国科学院微生物研究所, 微生物资源前期开发国家重点实验室, 北京 100101;中国科学院大学, 北京 100049 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年项目（31301071） |
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| 摘 要： | 【目的】通过转录组高通量测序技术(即RNA-seq),结合生物信息学分析和分子生物学方法,在组学水平鉴定极端嗜盐菌中可能的非编码RNA(nc RNA)。【方法】将培养至对数中期的地中海富盐菌在不同盐浓度下处理30分钟,提取RNA,进行链特异的转录组测序和5′端区分的转录组测序,通过生物信息学分析在全基因组范围内鉴定nc RNA,预测其转录边界;然后通过Northern blot和环化RNA反转录聚合酶链式反应(CR-RT-PCR)对部分预测的nc RNA进行实验验证。【结果】比较两种RNA-seq技术在不同培养条件下的RNA测序结果和对转录单元的精细分析,共鉴定到105个高可信度的nc RNA,并发现4个在不同盐度下表达差异较大的nc RNA,通过Northern blot和CR-RT-PCR验证了inc RNA1436和inc RNA1903的表达情况、转录本、转录起始位点及终止位点等。【结论】首次在组学水平鉴定了地中海富盐菌中的nc RNA,不同盐浓度刺激下部分nc RNA的转录差异暗示其有可能参与地中海富盐菌对盐胁迫的适应,高可信度nc RNA的组学发现为今后全面开展嗜盐古菌nc RNA的功能机制研究提供了基础数据及重要的切入点。
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| 关 键 词： | 地中海富盐菌 非编码RNA 盐度刺激 转录组测序 |
| 收稿时间： | 2016/6/15 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2016/7/15 0:00:00 |
Identification of non-coding RNA in Haloferax mediterranei |
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| Lei Wang,Feiyue Cheng,Dahe Zhao,Haibo Yang and Hua Xiang.Identification of non-coding RNA in Haloferax mediterranei[J].Acta Microbiologica Sinica,2017,57(2):220-228. |
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| Authors: | Lei Wang Feiyue Cheng Dahe Zhao Haibo Yang and Hua Xiang |
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| Institution: | State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China,State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China,State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China,State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China and State Key Laboratory of Microbial Resources, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Haloferax mediterranei non-coding RNA salinity stimulation RNA-sequencing |
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