| DNA聚合酶对PacBio SMRT测序结果影响的评价 |
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| 引用本文： | 王彦杰,徐海燕,侯强川,马慧敏,张和平,孙志宏.DNA聚合酶对PacBio SMRT测序结果影响的评价[J].中国微生态学杂志,2018,30(1). |
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| 作者姓名： | 王彦杰 徐海燕 侯强川 马慧敏 张和平 孙志宏 |
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| 作者单位： | 内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业部奶制品加工重点实验室; |
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| 摘 要： | 目的评估不同DNA聚合酶是否会对以16SrRNA全长为测序靶点的肠道微生物多样性研究结果产生影响。方法用美国太平洋公司的三代测序仪(PacBio single molecule real-time sequencing technology)对3份分别采用KAPA HiFi~(TM) HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶扩增的军犬粪便样品进行精确至"种"水平的测序分析。结果经配对Mann-Whitney U检验显示,不同DNA聚合酶扩增的同一样品在门、属和种水平上差异无统计学意义(P0.05),然而在某些相对含量较少的操作分类单元(OTU)上,其扩增效率存在差异。经基于非加权UniFrac距离的非加权组平均法聚类分析和基于加权UniFrac距离的非参数多元方差分析发现不同DNA聚合酶扩增的同一样品其多样性差异无统计学意义(P0.05)。结论 KAPA HiFi~(TM) HotStart DNA聚合酶和PCRBIO HotStart DNA聚合酶虽对模板DNA扩增存在一定的偏好性,但该偏好性不影响PacBio SMRT测序结果。
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| 关 键 词： | DNA聚合酶 PacBio SMRT测序技术 肠道微生物 |
Influence of different DNA polymerases on the results of PacBio SMRT sequencing |
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