| 荷花玉兰叶绿体全基因组高通量测序及结构解析 |
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| 引用本文： | 李西文,高欢欢,王一涛,宋经元,Henry Robert,吴和珍,胡志刚,姚辉,罗红梅,罗焜,潘宏林,陈士林.荷花玉兰叶绿体全基因组高通量测序及结构解析[J].中国科学:生命科学,2012(12):947-956. |
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| 作者姓名： | 李西文 高欢欢 王一涛 宋经元 Henry Robert 吴和珍 胡志刚 姚辉 罗红梅 罗焜 潘宏林 陈士林 |
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| 作者单位： | 中国医学科学院&北京协和医学院药用植物研究所;澳门大学中华医药研究院;湖北中医药大学药学院;Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation,University of Queensland,Brisbane QLD4072,Australia;中国中医科学院中药研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:30970307和81130069)资助项目 |
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| 摘 要： | 荷花玉兰是重要的药用、观赏及园林绿化植物.应用454高通量测序技术对荷花玉兰叶绿体全基因组进行测序,解析了其基因组结构,并与近缘物种基因组进行了比较分析.荷花玉兰叶绿体基因组全长为159623bp,两个反向互补重复区(IRs)长26563bp,被分隔的大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为87757和18740bp.成功注释129个叶绿体基因,其中18个基因含有内含子.基因的种类、数目以及GC含量等与其他木兰科物种相类似.生物信息学分析获得218个SSR位点,大多位点富含A-T,具有碱基偏好性.木兰科物种的重复基序类型和丰度相对保守,有利于开发叶绿体基因组载体.木兰亚纲植物叶绿体基因组的大小及IR区边界的变化与ycf1的长度密切相关.采用30个物种叶绿体基因组的66个共有蛋白编码基因构建系统发育树,对木兰属在被子植物中的进化位置进行了探讨.荷花玉兰叶绿体全基因组序列的获得和结构解析对优良品种培育、叶绿体基因组工程、木兰科物种分子标记开发及系统发育关系的研究具有重要价值.
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| 关 键 词： | 内含子 反向互补重复区 重复序列 系统进化 |
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