| 甘蓝型油菜ZF-HD基因家族的鉴定与系统进化分析 |
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| 引用本文： | 宋敏.甘蓝型油菜ZF-HD基因家族的鉴定与系统进化分析[J].植物学报,1983,54(6):699-710. |
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| 作者姓名： | 宋敏 |
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| 作者单位： | 曲阜师范大学生命科学学院, 曲阜 273165 |
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| 基金项目： | 山东省高等学校科技计划(No.J15LE02);中国博士后基金(No.2018M632646);山东省高水平应用型立项建设专业群-生物工程专业群(No.[2016] 11-10) |
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| 摘 要： | ZF-HD是一类植物特有的转录因子, 在植物生长发育及胁迫响应过程中发挥重要作用。利用生物信息学方法, 在甘蓝型油菜(Brassica napus)基因组中鉴定到62个ZF-HD基因, 其中83.9%的基因缺乏内含子, 93.5%的BnZF-HD等电点大于7, 预测定位于细胞核的蛋白大多由100个以上氨基酸组成。根据进化关系可将其分为6个亚群, 在每个亚群中, 甘蓝(B. oleracea)和白菜(B. rapa)的ZF-HD基因数量相等或近似相等, 而甘蓝型油菜的ZF-HD基因数量接近或等同于甘蓝和白菜的ZF-HD基因数量之和。同一亚群的motif数量和类型高度相似。共线性分析结果显示, 全基因组三倍体化使ZF-HD基因在二倍体祖先得到扩张, 而异源多倍体化又进一步使甘蓝型油菜ZF-HD基因家族扩张。Ka/Ks值说明大多数ZF-HD基因在进化过程中受到了纯化选择。所有BnZF-HD基因都具有光响应元件, 2/3的基因具有MeJA、ABA和厌氧诱导顺式作用元件, 推测这些基因可能参与相关生物学过程。研究结果为进一步挖掘该家族基因的生物学功能奠定基础, 同时为揭示多基因家族在异源多倍体中的进化式样提供借鉴。
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| 关 键 词： | 甘蓝型油菜 ZF-HD 进化 共线性分析 顺式作用元件 |
| 收稿时间： | 2019-03-25 |
Genome-wide Identification and Phylogenetic Analysis of Zinc Finger Homeodomain Family Genes in Brassica napus |
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| Song Min,Zhang Yao,Wang Liying,Peng Xiangyong.Genome-wide Identification and Phylogenetic Analysis of Zinc Finger Homeodomain Family Genes in Brassica napus[J].Bulletin of Botany,1983,54(6):699-710. |
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| Authors: | Song Min Zhang Yao Wang Liying Peng Xiangyong |
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| Institution: | School of Life Sciences, Qufu Normal University, Qufu 273165, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Brassica napus" target="_blank">Brassica napus')">Brassica napus ZF-HD evolution collinear analysis cis-acting elements" target="_blank">cis-acting elements')">cis-acting elements |
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