| 雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析 |
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| 引用本文： | 陈军,郑华军,刘亚铭,赵国屏,秦松.雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析[J].中国生物工程杂志,2018,38(7):21-28. |
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| 作者姓名： | 陈军 郑华军 刘亚铭 赵国屏 秦松 |
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| 作者单位： | 1中国科学院烟台海岸带研究所 海岸带生物学与生物资源利用重点实验室 烟台 2640032 中国科学院大学 北京 100049 3上海人类基因组研究中心 上海 201203 |
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| 基金项目： | 国家重点研发计划(2016YFF0202304);国家自然科学基金面上项目(41376139);烟台市科技计划(2016JHZB007) |
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| 摘 要： | 开展雨生红球藻基因组测序研究,对于解读绿藻起源与进化及生物逆境胁迫响应机制,以及推动雨生红球藻产业发展都具有重要意义。利用Illumina Hiseq 2500对雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)进行高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。通过计算k-mer分布预测该基因组草图大小约为547Mb,GC含量为59.2%,为纯合或单倍体。共得到11 059个预测基因,平均基因长度为1 711bp,平均CDS长度为681bp;平均每个基因包含3.2个外显子,外显子的平均长度为353bp。代谢通路分析表明,具有完整的糖酵解、三羧酸循环、磷酸戊糖途径、嘌呤和嘧啶合成等基本代谢通路。
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| 关 键 词： | 雨生红球藻 基因组测序 基因预测 功能注释 |
| 收稿时间： | 2017-06-29 |
The Analysis of the Low Coverage Haematococcus Pluvialis Draft Genome |
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| Jun CHEN,Hua-jun ZHENG,Ya-ming LIU,Guo-ping ZHAO,Song QIN.The Analysis of the Low Coverage Haematococcus Pluvialis Draft Genome[J].China Biotechnology,2018,38(7):21-28. |
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| Authors: | Jun CHEN Hua-jun ZHENG Ya-ming LIU Guo-ping ZHAO Song QIN |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Haematococcus pluvialis Genome sequencing Gene prediction Gene functional annotation |
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