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CECMAtlas 1.0: 人类肿瘤相关的细胞外基质基因数据库
引用本文:于淑婷,刘源,徐浩,李杨,刁丽红,张怡,朱佳润,胡圣伟,李栋.CECMAtlas 1.0: 人类肿瘤相关的细胞外基质基因数据库[J].中国生物化学与分子生物学报,2021,37(2):207-213.
作者姓名:于淑婷  刘源  徐浩  李杨  刁丽红  张怡  朱佳润  胡圣伟  李栋
作者单位:(1) 石河子大学生命科学学院生物科学系动物基因工程实验室,新疆 石河子 832003;2) 北京生命组学研究所国家蛋白质科学中心 蛋白质组学国家重点实验室,北京 102206;3) 河北大学生命学院,河北 保定 071002;4) 安徽医科大学基础医学院,合肥 230032)
基金项目:国家自然科学基金(No.31871341)和精准医学国家重点课题(No.2016YFC0901905)联合资助
摘    要:细胞外基质(extracellular matrix,ECM)是细胞微环境的重要组成部分,它不仅能为细胞提供物理支持,而且还参与了多种生物学过程。近年来,已经鉴定出来数百种与癌症相关的ECM(cancer-related ECM,C-ECM)基因,其中一些已作为潜在靶标。目前,有关于C-ECM基因的丰富信息还散布在成千上万的出版物中,并且它们在肿瘤发生过程中的作用也未被系统的整理。本文构建了CECMAtlas数据库(http://biokb.ncpsb.org.cn/CECMAtlas/),该数据库使用文献挖掘和人工判读收集了225个C-ECM基因,以及相关生物学过程信息,该数据库将有助于研究肿瘤的发生机制和开展可能的临床应用。

关 键 词:癌症  细胞外基质基因  数据库  文本挖掘  人工判读  生物学过程  
收稿时间:2020-08-26

CECMAtlas 1.0: A Human Cancer-related Extracellular Matrix Gene Database
YU Shu-Ting,LIU Yuan,XU Hao,LI Yang DIAO Li-Hong,ZHANG Yi,ZHU Jia-Run,HU Sheng-Wei,LI Dong.CECMAtlas 1.0: A Human Cancer-related Extracellular Matrix Gene Database[J].Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology,2021,37(2):207-213.
Authors:YU Shu-Ting  LIU Yuan  XU Hao  LI Yang DIAO Li-Hong  ZHANG Yi  ZHU Jia-Run  HU Sheng-Wei  LI Dong
Abstract:Extracellular matrix (ECM) is a major component of the cellular microenvironment. ECM not only provides physical support for cells, but also participates in various biological processes. In recent years, hundreds of cancer-related ECM (C-ECM) genes have been identified, and some of them can be used as biomarkers. However, rich information about C-ECM genes is scattered among thousands of publications, and there is no systematic summary of their role in tumorigenesis. Here, we present the CECMAtlas (http://biokb.ncpsb.org.cn/CECMAtlas/), a database which collects 225 C-ECM genes and the information of biological processes that they participate in through literature mining and manual curation. This database will contribute to the study of the mechanism of tumorigenesis and possible clinical application.
Keywords:cancer  extracellular matrix gene  database  text-mining  manual curation  biological processes  
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