| RT-PCR检测HUTP14A mRNA时排除假基因HUTP14C干扰的方法 |
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| 引用本文： | 许阁阁,刘小锋,张春凤,杜晓娟.RT-PCR检测HUTP14A mRNA时排除假基因HUTP14C干扰的方法[J].中国生物化学与分子生物学报,2019,35(10):1155-1165. |
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| 作者姓名： | 许阁阁 刘小锋 张春凤 杜晓娟 |
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| 作者单位： | （1）北京大学基础医学院细胞生物学系，北京 100083；2）北京大学肿瘤医院肝胆胰外一科，北京 100142；3）北京大学基础医学院医学遗传学系，北京 100083） |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（No.81874143）资助 |
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| 摘 要： | 人类U3蛋白14C基因(HUTP14C)是人类U3蛋白14A基因(HUTP14A)的假基因。两者转录本序列同源性高达95%。常规RT-qPCR技术在检测HUTP14A mRNA丰度时，HUTP14C的存在会影响检测结果。本研究旨在建立检测HUTP14A mRNA时排除HUTP14C干扰的RT PCR方法。本研究设计出能分别从多种肿瘤细胞DNA和RNA中特异性扩增HUTP14A和HUTP14C的引物，避免假基因HUTP14C对其同源基因HUTP14A检测的干扰。在检测细胞系HUTP14A mRNA时，通过DNaseⅠ消除RNA中污染的HUTP14C DNA，用靶向HUTP14C 3′-UTR的siRNA沉默HUTP14C mRNA后，再用RT PCR检测HUTP14A mRNA丰度，使结果更加准确。在18对肝癌及癌旁组织中，利用特异性引物进行RT PCR检测，HUTP14A和HUTP14C mRNA的表达略高于癌旁组织。本研究提示，针对有假基因存在的功能基因，对其mRNA丰度进行检测时，在提取细胞或组织总RNA后，用DNaseⅠ处理，再用RNA直接进行PCR扩增，排除DNA污染后，再进行RT-PCR或RT-qPCR扩增。大多假基因具有较长的3′-UTR区，在该区域设计siRNA特异性沉默假基因的mRNA后，用RT-qPCR检测功能基因的mRNA丰度，可以排除假基因mRNA的影响。在病理组织中检测功能基因的mRNA丰度时，可以根据假基因和其功能基因的序列差异设计出特异扩增功能基因的引物，从假基因的3′-UTR区设计特异扩增假基因的引物，通过RT-qPCR技术分别检测二者的mRNA。
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| 关 键 词： | 人类U3蛋白14 A基因 人类U3蛋白14C基因(HUTP14C) 假基因 RT-qPCR 肝癌 |
| 收稿时间： | 2019-06-03 |
An RT-PCR Method of Excluding the Interference of Pseudogene HUTP14C on the Detection of HUTP14A mRNA |
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| XU Ge-Ge,LIU Xiao-Feng,ZHANG Chun-Feng,DU Xiao-Juan.An RT-PCR Method of Excluding the Interference of Pseudogene HUTP14C on the Detection of HUTP14A mRNA[J].Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology,2019,35(10):1155-1165. |
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| Authors: | XU Ge-Ge LIU Xiao-Feng ZHANG Chun-Feng DU Xiao-Juan |
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| Institution: | (1）Department of Cell Biology， School of Basic Medical Sciences， Peking University Health Science Center， Beijing 100083, China;2）Hepatopancreatobiliary Surgery Department I, Peking University Cancer Hospital, Beijing 100142, China；3）Department of Medical Genetics, School of Basic Medical Science, Peking University Health Science Center, Beijing 100083, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | human U three protein 14 A(HUTP14A) human U three protein 14C(HUTP14C) pseudogene RT-qPCR liver cancer |
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