基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点 |
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引用本文: | 杨科利,李前忠,林昊.基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点[J].生物技术,2007,17(1):14-17. |
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作者姓名: | 杨科利 李前忠 林昊 |
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作者单位: | 内蒙古大学理工学院物理系,内蒙古,呼和浩特,010021 |
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摘 要: | 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法。方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测。结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明5种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%。结论:与已有的三种预测转录因子结合位点的软件进行比较,PWMSA算法明显优于其他三种算法,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别提高了0.25和0.22。
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关 键 词: | 转录因子结合位点(TFBS) 位置权重矩阵(PWM) 碱基保守性 |
文章编号: | 1004-311X(2007)01-0014-04 |
收稿时间: | 2006-10-28 |
修稿时间: | 2006-11-27 |
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