| 石刁柏EST序列中微卫星分布特征分析 |
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| 引用本文： | 高武军,张宏杰,王孝娟,平传良,卢龙斗.石刁柏EST序列中微卫星分布特征分析[J].生物技术,2011,21(6). |
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| 作者姓名： | 高武军 张宏杰 王孝娟 平传良 卢龙斗 |
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| 作者单位： | 河南师范大学生命科学学院,河南新乡,453007 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金,河南省基础与前沿技术研究项目 |
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| 摘 要： | 目的:开发新型石刁柏EST - SSR分子标记和开展相关的分子生物学研究.方法:利用EST - trimmer、Repeat Masker、SSRIT等生物信息学分析工具对石刁柏EST数据库中的EST序列进行去除poly A/T尾,载体、重复序列和低质量序列处理,并对EST序列中SSR分布特征进行了分析.结果:在NCBI数据库中下载的8 565条石刁柏EST序列中,重复次数超过5次的SSR共有610个,其中分布于601～ 800bp的EST - SSR标记最多,共464个,占SSR总数的77.33％；主要SSR重复基元类型是二核苷酸,共426个,占SSR总数的69.84％,其次是三核苷酸占SSR总数的29.18％.四核苷酸和五核苷酸的SSR仅各3个.结论:石刁柏EST中存在丰富的SSR信息,其中二核苷酸的AG/TC、GA/CT以及三核苷酸的CTT/GAA是SSR主要的重复单元.
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| 关 键 词： | 石刁柏 表达序列标签 微卫星 |
Microsatellite Distribution Characteristics in Expressed Sequence Tag of Asparagus officinalis |
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| GAO Wu-jun
,
ZHANG Hong-jie
,
WANG Xiao-juan
,
DENG Chuan-liang
,
LU Long-dou.Microsatellite Distribution Characteristics in Expressed Sequence Tag of Asparagus officinalis[J].Biotechnology,2011,21(6). |
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| Authors: | GAO Wu-jun ZHANG Hong-jie WANG Xiao-juan DENG Chuan-liang LU Long-dou |
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