兔出血症病毒NJ85株衣壳蛋白变异性分析及立体结构预测

用分子克隆技术从兔出血症病毒(RHDV)中国早期流行株NJ85中成功克隆出vp60基因，序列分析表明基因长度为1740nt，编码579aa。利用GenBank数据库，NJ85与WX84、TP二个RHDV中国毒株vp60基因DNA序列的同源性分别为92．7％和97．2％，氨基酸序列的同源性分别为96．1％和98．6％，与其他国家16个毒株的vp60基因DNA序列的同源性在83．7％-97．0％之间，氨基酸序列的同源性在90．5％～99．0％之间，具有高度的同源性。进一步分析vp60基因的六个分区，A、B、D、F四个区变异率较低，C、E二个区变异率较高。在遗传进化上，历年来的RHDV毒株在氨基酸水平上分析可分为三个支谱系，在核苷酸水平上趋向四个支谱系，谱系没有呈现地域或时间特征。三个中国毒株分布在二个不同的支谱系中。与RHDV同为兔病毒属的欧洲野兔综合征病毒(EBHSV)组成了另一个谱系。运用生物信息学方法分析了NJ85 VP60蛋白的分子量、等电点、疏水性和二级结构，根据同源模型预测分析了三级结构。NJ85 VP60的二级结构以B片层为主，三级结构稳定。病毒衣壳表面有32个杯状凹陷，由90个二聚体组成，二聚体由VP60单体以A／B5和C／C2两种方式构成，单体在二聚体中的构象有A、B、C三种形式。单体含有S、P两个结构域，两者通过柔性绞链连接，P结构域由VP60的C端部分形成，P分为P1和P2二个亚结构域，P2位于病毒衣壳表面，含有病毒株特异性抗原表位和红细胞结合位点。

Variant Analysis and Three-Dimensional Structure Prediction of the Capsid Protein of the Chinese Early Isolate NJ85 of Rabbit hemorrhagic disease virus