| 桉树EST序列中微卫星含量及相关特征 |
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| 引用本文： | 李淑娴,张新叶,王英亚,尹佟明.桉树EST序列中微卫星含量及相关特征[J].植物学通报,2010,45(3):363-371. |
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| 作者姓名： | 李淑娴 张新叶 王英亚 尹佟明 |
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| 作者单位： | 1. 南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室,南京,210037
2. 湖北省林业科学研究院,武汉,430079 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，林业公益性行业科研专项 |
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| 摘 要： | 通过对桉树属（Eucalyptus）的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关（三碱基重复微卫星除外）。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树（Populus trichocarpa）基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。
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| 关 键 词： | 桉树 微卫星重复序列 微卫星丰度 微卫星长度变异 微卫星引物设计 |
Content and Characteristics of Microsatellites Detected in Expressed Sequence Tag Sequences in Eucalyptus |
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| Shuxian Li,Xinye Zhang,Yingya Wang,Tongming Yin.Content and Characteristics of Microsatellites Detected in Expressed Sequence Tag Sequences in Eucalyptus[J].Chinese Bulletin of Botany,2010,45(3):363-371. |
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| Authors: | Shuxian Li Xinye Zhang Yingya Wang Tongming Yin |
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| Institution: | 1The Key Laboratory of Forest Genetics and Biotechnology, Nanjing Forestry University, Nanjing 210037, China; 2Hubei Academy of Forestry, Wuhan 430079, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Eucalyptus microsatellite repeat sequence microsatellite richness microsatellite length variation SSR primer design |
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