| Discovery Studio 2.0的模块扩展及应用:残基水平非键相互作用能量的自动批量计算 |
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| 作者姓名： | Gao YD Huang JF |
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| 作者单位： | 1. 中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室,云南昆明650223;中国科学院研究生院,北京100049
2. 中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室,云南昆明650223;中国科学院昆明动物研究所-香港中文大学生物资源与疾病分子机理联合实验室,云南昆明650223 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划项目“973”(2009CB941302); 国家自然科学基金项目(30470939、30623007); 中国科学院基金项目(2007211311091) |
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| 摘 要： | 非键相互作用对于生物体系中的分子识别和结合过程起着关键作用。然而,传统的方法并不能在残基水平自动批量计算非键相互作用。近年来,已经发展了一些方法和工具进行非键相互作用的计算分析。该文研究发展了一种可以自动计算残基间非键相互作用的方法,即用Perl脚本调用Discovery Studio 2.0(DS 2.0,Accelrys Inc.)底层模块中的非键相互作用协议,实现了直接利用命令行批量计算非键相互作用能量,而无需通过DS2.0的图形界面。该方法扩展了DS2.0的计算模块,并于近期运用到了复合结构的研究分析中。
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| 关 键 词： | 非键相互作用 模块扩展 Discovery Studio 2.0 |
An extension strategy of Discovery Studio 2.0 for non-bonded interaction energy automatic calculation at the residue level |
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| Gao YD,Huang JF.An extension strategy of Discovery Studio 2.0 for non-bonded interaction energy automatic calculation at the residue level[J].Zoological Research,2011,32(3):262-266. |
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| Authors: | Gao Yue-Dong Huang Jing-Fei |
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| Institution: | GAO Yue-Dong1,2,HUANG Jing-Fei1,3,*(1.State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution,Kunming Institute of Zoology,the Chinese Academy of Sciences,Kunming 650223,China,2.Graduate School of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100039,3.Laboratory of Bioresources and Molecular Research in Common Diseases,Chinese University of Hong Kong,China) |
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| Abstract: | Non-bonded interaction forces play crucial roles in molecular recognition and binding in biological systems.However,it is difficult for traditional methods to automatically calculate and batch the non-bonded energy at the residue level.In recent years,many studies have focused on non-bonded interactions and developed tools to calculate and analyze such interactions.In this study,we present a highly automated approach for the calculation of non-bonded energy.Our strategy invoked protocols relevant to non-bon... |
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| Keywords: | Non-bonded energy Protocol extension Discovery Studio 2 0 |
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