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基于机器学习的肠道菌群数据建模与分析研究综述
引用本文:李强,衣杨,吴忠道,丁涛.基于机器学习的肠道菌群数据建模与分析研究综述[J].微生物学通报,2021,48(1):180-196.
作者姓名:李强  衣杨  吴忠道  丁涛
作者单位:1 中山大学数据科学与计算机学院 广东 广州 510000;1 中山大学数据科学与计算机学院 广东 广州 510000;2 中山大学新华学院信息科学学院 广东 广州 510520;3 中山大学中山医学院 广东 广州 510000
基金项目:国家自然科学基金(61672546,61573385);广州市科技项目(202002030273);中山大学新华学院校级重点学科项目(2020xzd02)
摘    要:人体肠道菌群与人类的健康和疾病存在密切关系,对肠道菌群的宏基因组数据进行建模和分析,在疾病预测及诊断相关领域科学研究和社会应用方面均具有重要意义。本文从大数据分析和机器学习的角度,对人体肠道菌群数据的建模、分析和预测算法的原理、过程以及典型研究应用实例进行综述,以期推动肠道菌群分析相关研究发展以及探索结合机器学习算法进行肠道菌群分析的有效方式,同时也为开发基于肠道菌群数据的新型诊疗手段提供借鉴,推动我国精准医疗事业发展。

关 键 词:肠道菌群  机器学习  肠道微生物组分析  疾病预测模型

Review of gut microbiome analysis prediction models and algorithms
LI Qiang,YI Yang,WU Zhongdao,DING Tao.Review of gut microbiome analysis prediction models and algorithms[J].Microbiology,2021,48(1):180-196.
Authors:LI Qiang  YI Yang  WU Zhongdao  DING Tao
Institution:1 School of Data Science and Computer, Sun Yat-Sen University, Guangzhou, Guangdong 510000, China;1 School of Data Science and Computer, Sun Yat-Sen University, Guangzhou, Guangdong 510000, China;2 School of Information Science, Xinhua College of Sun Yat-Sen University, Guangzhou, Guangdong 510520, China;3 Zhongshan School of Medicine, Sun Yat-Sen University, Guangzhou, Guangdong 510000, China
Abstract:Human gut microbiota is closely related to human health and diseases, so that the modeling and analysis of its metagenomic data is of great significance for scientific research and social application in the field of disease prediction and diagnosis. In this paper, we comprehensively assessed the tools of human gut microbiome data analysis, the principles and processes of prediction algorithms, as well as some typical application cases from the perspective of big data analysis and machine learning. It aims to promote the development of analysis technology for gut microbiome and explore effective approaches for gut microbiome analysis combined with machine learning algorithms. Furthermore, it can also provide reference for the development of new diagnosis and treatment methods based on gut microbiome data.
Keywords:gut microbiota  machine learning  gut microbiome analysis  disease prediction model
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