| 呼和浩特市周边地下水CPR和DPANN类群的检测及多样性分析 |
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| 引用本文： | 姜凯,曹春玲,红雨,宋枚汐,杨鸿臻,陈乌日娜,刘昱昕.呼和浩特市周边地下水CPR和DPANN类群的检测及多样性分析[J].微生物学通报,2023,50(12):5320-5336. |
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| 作者姓名： | 姜凯 曹春玲 红雨 宋枚汐 杨鸿臻 陈乌日娜 刘昱昕 |
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| 作者单位： | 内蒙古师范大学生命科学与技术学院, 内蒙古 呼和浩特 010022;内蒙古自治区高等学校蒙古高原生物多样性保护与可持续利用重点实验室, 内蒙古 呼和浩特 010022;内蒙古自治区农牧业技术推广中心, 内蒙古 呼和浩特 010010 |
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| 基金项目： | 内蒙古自治区自然科学基金(2020BS03006)；内蒙古师范大学基本科研业务费项目(2022JBQN091，2022JBTD010)；内蒙古自治区科技计划(2020GG0039) |
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| 摘 要： | 【背景】候选门级辐射类群(candidate phyla radiation, CPR)和DPANN是与绝大多数已知细菌和古菌具有显著差异的独特类群，因发现较晚，人们对其认识还非常有限。已知二者类群庞大、存在广泛，但在不同生境中的多样性研究还较少，生态功能尚属未知。【目的】分析不同地下水中CPR和DPANN的多样性，探讨不同方法对CPR和DPANN检出及富集的影响。【方法】采用0.1μm滤膜收集菌体和宏基因组测序的方法分析呼和浩特市周边4个不同地下水中CPR和DPANN的多样性。比较宏基因组测序与16S rRNA基因扩增子测序对CPR和DPANN检出的影响，以及不同过滤方式和不同滤膜组合对CPR和DPANN富集的作用。【结果】4个地下水样品CPR类群检出33-64个菌门，相对丰度在0.17%-1.67%之间；DPANN检出1-7个菌门，相对丰度在0.00093%-0.07100%之间。对于CPR和DPANN,16SrRNA基因V3-V4区扩增子测序仅检出了纳古菌门(Nanoarchaeota)。1.2μm与0.1μm滤膜组合具有最好的CPR和DPANN富集效果，在及时更换滤膜的过滤方式...
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| 关 键 词： | 候选门级辐射类群(CPR) DPANN 宏基因组测序 16S rRNA基因扩增子测序 过滤富集 |
| 收稿时间： | 2023/5/15 0:00:00 |
Diversity of CPR and DPANN in groundwater around Hohhot City |
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| JIANG Kai,CAO Chunling,HONG Yu,SONG Meixi,YANG Hongzhen,CHEN Wurin,LIU Yuxin.Diversity of CPR and DPANN in groundwater around Hohhot City[J].Microbiology,2023,50(12):5320-5336. |
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| Authors: | JIANG Kai CAO Chunling HONG Yu SONG Meixi YANG Hongzhen CHEN Wurin LIU Yuxin |
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| Institution: | College of Life Science and Technology, Inner Mongolia Normal University, Hohhot 010022, Inner Mongolia, China;Key Laboratory of Biodiversity Conservation and Sustainable Utilization in Mongolian Plateau for College and University of Inner Mongolia Autonomous Region, Hohhot 010022, Inner Mongolia, China;Agriculture and Animal Husbandry Technology Popularization Center of Inner Mongolia Autonomous Region, Hohhot 010010, Inner Mongolia, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | candidate phyla radiation (CPR) DPANN metagenomic sequencing 16S rRNA gene amplicon sequencing enrichment by filtration |
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