首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
   检索      

珍贵树种火力楠转录组SSR特征分析
引用本文:李清莹,仲崇禄,姜清彬,张勇,陈羽,魏永成,陈珍.珍贵树种火力楠转录组SSR特征分析[J].基因组学与应用生物学,2019,38(4):1674-1682.
作者姓名:李清莹  仲崇禄  姜清彬  张勇  陈羽  魏永成  陈珍
作者单位:中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520;中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520;中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520;中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520;中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520;中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520;中国林业科学研究院热带林业研究所,热带林业研究国家林业局重点实验室,广州,510520
基金项目:中央公益性科研院所基金项目;“十三五”国家重点研发计划项目任务共同资助
摘    要:为了全面了解珍贵乡土树种火力楠转录组SSR位点的分布及序列特征,为火力楠遗传资源的保存和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。利用Illumina Hiseq2000高通量测序平台对火力楠进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。分析的结果显示发现含SSR的序列21 218条,共得到27 379个SSR,出现频率为28.08%,平均约每3 kb出现1个SSR。单碱基和二碱基重复为火力楠SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的42.18%和35.66%,所有重复基元共85种,其中(A/T) n所占比例最高41.65%,然后是(AG/CT)n(29.47%)、(AAG/CTT)n (6.83%)和(AC/GT)n (4.11%)。在SSR和CDS的交集基因中,共发现24 668个SSR位点,其中3 805个位于编码区,出现频率为0.099 SSR/kb,而非编码区为0.287 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(2 030, 53.35%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为单碱基重复SSR,其次是二碱基重复。火力楠转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究。

关 键 词:火力楠  转录组  SSR特征  多态性
本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录!
设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号