| 牛ASCL2基因生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 王梦楠,吴茜红,赵姝君,王敬姣,李冬杰,李世杰.牛ASCL2基因生物信息学分析[J].基因组学与应用生物学,2013,0(5):645-651. |
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| 作者姓名： | 王梦楠 吴茜红 赵姝君 王敬姣 李冬杰 李世杰 |
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| 作者单位： | 1. 河北农业大学生命科学学院，保定，071001
2. 河北科技大学生物科学与工程学院，石家庄，050018 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(项目编号：31372312)河北省自然基金项目(项目编号：C2011204001) |
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| 摘 要： | 在人与小鼠中，A SCL2基因是一个母源表达的印记基因，在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛A SCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛A SCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测，为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物A SCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物间的遗传距离小于0.536，且牛与猪遗传距离最小，为0.106，与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示，在牛中，该基因上游5 k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示，启动子最可能位于该基因5'端上游4725~4775 bp处CpG岛区域内，此区域包括大量潜在转录因子结合位点，并在4734 bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明，A SCL2基因编码一种螺旋-环-螺旋形转录因子，有α-螺旋、β-转角和无规则卷曲3种二级结构。
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| 关 键 词： | 牛 ASCL2基因 生物信息学 启动子 CpG岛 |
Bioinformatics Analysis of Bovine ASCL2 Gene |
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| Wang Mengnan
,
Wu Xihong
,
Zhao Shujun
,
Wang Jingjiao
,
Li Dongjie
,
Li Shijie.Bioinformatics Analysis of Bovine ASCL2 Gene[J].Genomics and Applied Biology,2013,0(5):645-651. |
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| Authors: | Wang Mengnan Wu Xihong Zhao Shujun Wang Jingjiao Li Dongjie Li Shijie |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Bovine A SCL2 gene Bioinformatic analysis Promoter CpG islands |
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