| 基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现 |
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| 引用本文： | 宋长新,雷萍,王婷.基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现[J].基因组学与应用生物学,2013(1):135-141. |
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| 作者姓名： | 宋长新 雷萍 王婷 |
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| 作者单位： | 青海师范大学计算机学院;深圳市水质检测中心 |
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| 基金项目： | 青海省135高层次人才培养基金资助 |
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| 摘 要： | WGCNA(weighted geneco-expression network analysis)算法是一种构建基因共表达网络的典型系统生物学算法,该算法基于高通量的基因信使RNA(mRNA)表达芯片数据,被广泛应用于国际生物医学领域。本文旨在介绍WGCNA的基本数理原理,并依托R软件包WGNCA以实例的方式介绍其应用。WGCNA算法首先假定基因网络服从无尺度分布,并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数,然后计算不同节点的相异系数,并据此构建分层聚类树(hierarchical clusteringtree),该聚类树的不同分支代表不同的基因模块(module),模块内基因共表达程度高,而分数不同模块的基因共表达程度低。最后,探索模块与特定表型或疾病的关联关系,最终达到鉴定疾病治疗的靶点基因、基因网络的目的。
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| 关 键 词： | WGCNA算法 基因共表达网络 R软件 |
Gene Co-expression Network Analysis Based on WGCNA Algorithm-Theory and Implementation in R Software |
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| Song Changxin, Lei Ping,Wang Ting.Gene Co-expression Network Analysis Based on WGCNA Algorithm-Theory and Implementation in R Software[J].Genomics and Applied Biology,2013(1):135-141. |
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| Authors: | Song Changxin Lei Ping Wang Ting |
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| Institution: | 1 Department of Computer Science, Qinghai Normal University, Qinghai, 810008; 2 Shenzhen Water Quality Centre, Shenzhen, 518000 |
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