小鼠Nlrp基因家族生物信息学分析

NLRP基因家族广泛分布于哺乳动物基因组中,在先天免疫反应和生殖发育过程中起着重要作用。本研究以小鼠Nlrp基因家族20个成员为研究对象,通过生物信息学方法对该基因家族成员在基因结构、保守结构域、蛋白质理化性质、亲水和疏水性、潜在磷酸化位点和基因表达等方面进行系统分析,并绘制系统进化树。研究表明,小鼠Nlrp家族基因序列结构差异较大,内含子数量变化较大,基因结构中有一个明显保守的CDS区域;基因家族序列保守性较好,有4个保守区域,序列长度分别为50、34、37、29,亚家族间保守性更高,其中Nlrp10没有亮氨酸重复结构域;基因同源性高,系统发生分析显示免疫相关基因与生殖发育相关基因在进化中已经分开,NLRP2和NLRP7可能起源同一祖先。所有蛋白质均有多个磷酸化位点,脂肪族系数介于82.54～100.33之间,GRAVY值均小于0,蛋白质表现为亲水性,无跨膜结构;亚细胞定位方面NLRP1A位于细胞核、NLRP1B位于质膜、NLRP5位于高尔基体,其它均位于细胞质;各蛋白质PI值均不相同,可用等电聚焦电泳区分各家族成员。所有Nlrp家族成员在配子发生和胚胎发育过程中均有不同程度的表达。本研究结论不仅丰富了NLRP基因家族信息,同时为进一步过渡到体外实验水平和实验研究方案的制定提供理论依据。