| 金鱼ABC转运蛋白基因家族成员鉴定及分析 |
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| 引用本文： | 刘含梅,崔文耀,宋诗颖,李伟明,任建峰.金鱼ABC转运蛋白基因家族成员鉴定及分析[J].基因组学与应用生物学,2020,39(1):1-10. |
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| 作者姓名： | 刘含梅 崔文耀 宋诗颖 李伟明 任建峰 |
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| 作者单位： | 上海海洋大学,科技部海洋生物科学国际联合研究中心,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,水产科学国家级实验教学示范中心,上海,201306;上海海洋大学,科技部海洋生物科学国际联合研究中心,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,水产科学国家级实验教学示范中心,上海,201306;上海海洋大学,科技部海洋生物科学国际联合研究中心,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,水产科学国家级实验教学示范中心,上海,201306;上海海洋大学,科技部海洋生物科学国际联合研究中心,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,水产科学国家级实验教学示范中心,上海,201306;上海海洋大学,科技部海洋生物科学国际联合研究中心,水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,水产科学国家级实验教学示范中心,上海,201306 |
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| 基金项目： | 上海海洋大学优秀本科生项目;本研究由上海市科委国际科技合作项目 |
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| 摘 要： | 腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporter,ABC transporter)基因家族在原核生物和真核生物中广泛存在,该家族蛋白能够利用ATP裂解产生的能量将多种底物转运到膜上,参与多种生物过程,如营养摄入、细胞解毒、脂质稳态、信号转导、病毒防御以及抗原呈递等。目前,鱼类中,只在斑马鱼、斑点叉尾鮰和鲤鱼等少数鱼类中对该基因家族进行了系统的研究,关于金鱼ABC转运蛋白基因家族的详细分析,未见报道。本研究中,我们利用三代结合二代测序技术构建的金鱼转录组参考基因集数据,鉴定出55个ABC转运蛋白基因,通过系统进化分析将它们分为8个亚家族(A^H)。即金鱼ABC转运蛋白基因是由10个ABCA、14个ABCB、13个ABCC、5个ABCD、1个ABCE、4个ABCF、7个ABCG和1个ABCH组成。同时,我们将金鱼与斑马鱼、斑点叉尾鮰和鲤鱼等物种ABC转运蛋白基因家族成员的数目进行比较分析,推测硬骨鱼类特异的第3次全基因复制(3R-WGD)和谱系特异的第4次全基因组复制(4R-WGD)对金鱼该基因家族成员数目的影响。本研究结果为金鱼ABC转运蛋白基因功能的研究提供了理论依据。
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| 关 键 词： | 金鱼 ABC转运蛋白 基因鉴定 序列分析 进化 |
Identification and Analysis of ABC Transporter Gene Family in Goldfish(Carassius auratus auratus) |
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| Liu Hanmei,Cui Wenyao,Song Shiying,Li Weiming,Ren Jianfeng.Identification and Analysis of ABC Transporter Gene Family in Goldfish(Carassius auratus auratus)[J].Genomics and Applied Biology,2020,39(1):1-10. |
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| Authors: | Liu Hanmei Cui Wenyao Song Shiying Li Weiming Ren Jianfeng |
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| Institution: | (National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education,Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Re sources,Ministry of Education,International Research Center for Marine Biosciences,Ministry of Science and Technology,Shanghai Ocean University,Shanghai,201306) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Goldfish ABC transporter Gene identification Sequence analysis Evolution |
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