基于转录组测序的波纹唇鱼SSR和SNP多态特征分析 |
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引用本文: | 刘洪涛,刘金叶,杨明秋,何玉贵,王永波.基于转录组测序的波纹唇鱼SSR和SNP多态特征分析[J].基因组学与应用生物学,2020,39(6):2451-2461. |
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作者姓名: | 刘洪涛 刘金叶 杨明秋 何玉贵 王永波 |
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作者单位: | 海南省海洋与渔业科学院,海口,571126;海南省海洋与渔业科学院,海南省热带海水养殖技术重点实验室,海口,571126;海南省海洋与渔业科学院,海南省热带海水养殖工程技术研究中心,琼海,571429 |
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基金项目: | 海南省重点研发项目;海南省热带海水养殖工程技术研究中心建设项目;实验室建设项目 |
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摘 要: | 波纹唇鱼是一种极度濒危的珍贵观赏鱼和高价值食用鱼,全面了解其转录组中SSR和SNP位点的分布及序列特征,可有助于开展波纹唇鱼遗传资源的保存和合理开发利用。利用二代高通量RNA-seq测序技术对波纹唇鱼进行转录组测序,通过MISA和Samtools对所得Unigene进行SSR与SNP位点的发掘与分析。结果显示,在150 218条Unigene序列中共发现22 428个SSR,出现频率为14.93%,平均约5.35 kb出现1个SSR。波纹唇鱼SSR的主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占SSR总数的61.32%和19.12%,除复合类型以外,所有重复基元共65种,其中(A/T)n所占比例最高(55.64%),(AG/CT)n和(AC/GT)n分别占8.31%和6.80%。22 427个SSR处于CDS中,其中1 773个位于编码区。SSR重复次数集中在5~15次,序列平均长度为13.3 bp。3 438个SSR位点共获得669对候选引物。随机选取50对验证,发现21对可扩增出与预期产物长度大小一致的特异性条带,其中5对在4个波纹唇鱼个体间具有多态性。在Unigene中共发现245 373个SNP位点,发生频率为1/490 bp,其中转换类型发生频率显著高于颠换类型,转换类型中A/G (33.61%)和C/T (32.51%)发生频率最高,颠换类型中则是A/T的最高(11.12%)。波纹唇鱼转录组中SSR和SNP位点非常丰富,可为波纹唇鱼遗传多样性分析、亲缘关系鉴定与遗传资源开发利用等方面提供丰富的基础数据信息。
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关 键 词: | 波纹唇鱼 转录组 SSR SNP |
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