| SSR引物及多态性位点数对陆地棉野生种系聚类结果的影响 |
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| 引用本文： | 高伟.SSR引物及多态性位点数对陆地棉野生种系聚类结果的影响[J].植物遗传资源学报,2013,14(2):237-242. |
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| 作者姓名： | 高伟 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室,安阳,455000 |
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| 基金项目： | 中央级公益性院所基本科研业务费两个资助项目（SJA0901,SJA1001） |
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| 摘 要： | 利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性的影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,占83.01%。多态信息含量范围为0.046～0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113～2.289之间变动,平均为1.248。显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性位点即可获得较准确的结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性位点才能获得较准确的结果。矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性位点聚类即可达到90对引物时的精度。此外,在引物量较少时,扩增位点数较多的引物所提供的信息量更大,随着引物量的增加,这种差距趋于不明显;等位位点总数较少时,引物数量更重要,随着位点数的增加,引物信息含量的重要性已高于引物数起主导作用。综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系的遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性位点150个以上,增加引物到50对以上为佳。
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| 关 键 词： | 陆地棉 野生种系 SSR 引物 多态性位点 聚类 |
| 收稿时间： | 5/4/2012 11:06:13 AM |
| 修稿时间： | 6/8/2012 10:00:30 AM |
The Effection of the Quantity of SSR Primer and Allele on Cluster analysis of Gossypium hirsutum Linn races |
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| gao wei.The Effection of the Quantity of SSR Primer and Allele on Cluster analysis of Gossypium hirsutum Linn races[J].Journal of Plant Genetic Resources,2013,14(2):237-242. |
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| Authors: | gao wei |
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| Institution: | (State Key Laboratory of Cotton biology/Cotton Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Anyang 455000) |
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| Keywords: | |
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