基于陆地棉茎尖转录组序列的genic-SSR标记的开发与评价

利用软件MISA和SSR Locator 对陆地棉（Gossypium hirsutum L.）Coker312茎尖转录组测序得到的73515条Unigene序列进行分析，查找到4507个SSR位点，分布于4039条转录本序列中，SSR出现频率为5.5%，非编码区的SSR位点要显著高于编码区（2853/1654）。SSR重复基元中，三核苷酸重复基元占主导地位（51.03%），且AAG/CTT （20.08%）类型最多；其次是二核苷酸重复基元（28.76%），主要为AG/CT（55.47%）。利用引物批量设计软件共开发1569对SSR引物，在陆地棉TM-1、海岛棉3-79 (G. barbadense L.)、阿非利加棉(G. herbaceum L.)、雷蒙德氏棉(G. raimondii Ulbrich.)四个棉种中进行初步评价，其中1117对引物能在四个棉种间扩增出稳定的条带，扩增率为71.2%。选择650对能稳定扩增出条带的引物，在涉及5个棉种（增加了亚洲棉（G. arboreum L.））的13份材料中进一步筛选，83对引物能在13份材料中扩增出特异性条带， PIC变幅在0.121～0.648之间，平均值为0.422，其中80对引物能在7份陆地棉材料中扩增出特异性条带，平均PIC值为0.336；挑选5对在本实验室作图亲本鲁棉研22和鲁原343间有明显多态的引物进行连锁分析，其中4对成功连锁到本实验室构建的遗传图谱上。本研究丰富了棉属genic-SSR的数量，为棉属遗传作图、性状关联分析提供了更多引物选择。