| 茶树EST-SSRs分布特征及标记开发 |
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| 引用本文： | 王丽鸳,姜燕华,段云裳,成 浩,周 健,曾建明.茶树EST-SSRs分布特征及标记开发[J].植物遗传资源学报,2010,11(10):511-516. |
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| 作者姓名： | 王丽鸳 姜燕华 段云裳 成 浩 周 健 曾建明 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心/国家茶树改良中心，杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心/国家茶树改良中心，杭州 310008;南京农业大学，南京 210095;中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心/国家茶树改良中心，杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心/国家茶树改良中心，杭州 310008;中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心/国家茶树改良中心，杭州 310008 |
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| 基金项目： | 国家科技基础条件平台建设计划（2005DKA21002） |
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| 摘 要： | 为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288条茶树(Camellia sinensis) ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条，共486个EST-SSRs，平均相隔2.10 kb出现一个SSR。在2-6 bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(51.97%)，其次是三核苷酸(19.55%)。对所有的重复基元类型进行统计分析发现, 所占比例最高的是AG/CT(47.74%)，其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%)。利用Prime 5 软件，设计了206对EST-SSRs引物，随机选用72对引物进行SSR扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93.5%。这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究。
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| 关 键 词： | 茶树 EST-SSRs 分子标记 多态性 |
Characterization of EST-derived Microsatellites and Development of SSR-markers in tea (Camellia sinensis) |
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