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西瓜DUS测试标准品种SSR指纹图谱构建及应用
引用本文:范建光,张海英,宫国义,肖菁,郭绍贵,任毅,张洁,王秀峰,马艳明,许勇.西瓜DUS测试标准品种SSR指纹图谱构建及应用[J].植物遗传资源学报,2013,14(5):892-899.
作者姓名:范建光  张海英  宫国义  肖菁  郭绍贵  任毅  张洁  王秀峰  马艳明  许勇
作者单位:山东农业大学园艺科学与工程学院,北京市农林科学院蔬菜研究中心,农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,北京市农林科学院蔬菜研究中心,农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,新疆农科院农作物品种资源研究所,北京市农林科学院蔬菜研究中心,农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,北京市农林科学院蔬菜研究中心,农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,北京市农林科学院蔬菜研究中心,农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,山东农业大学园艺科学与工程学院,新疆农科院农作物品种资源研究所,北京市农林科学院蔬菜研究中心,农业部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室
基金项目:国家自然科学基金项目(面上项目,重点项目,重大项目);国家科技攻关计划
摘    要:本研究采用代表最大限度西瓜遗传多样性的SSR核心引物组合,分析了西瓜DUS测试指南中的24份标准品种遗传多样性与核酸指纹。以基于重测序获得的SNP标记构建的17份西瓜材料的系统发育树为参照,对24份标准品种进行了遗传多样性分析,在遗传相似系数0.80处将24份标准品种分为3大类群,分析表明:核酸指纹分类比传统形态学分类更为准确。采用二维(QR)编码构建了西瓜24份标准品种的SSR指纹图谱,并利用本技术以保护品种“京欣2号”与对照品种“京欣1号”为例,进行了DUS分子鉴定测试,共扩增32个SSR位点,“京欣1号”和“京欣2号”之间存在4个位点的差异,品种间遗传相似系数为0.89,比形态学鉴定的差异位点更多且更准。本研究建立的西瓜DUS标准品种SSR指纹图谱与分子检测技术,可以应用到西瓜品种DUS分子检测实践,同时也为西瓜品种纯度与真实性鉴定及遗传背景分析提供了技术方案。

关 键 词:西瓜  标准品种  指纹图谱
收稿时间:2013/1/31 0:00:00
修稿时间:3/7/2013 12:00:00 AM

Construction and application of SSR fingerprint database of the example varieties in watermelon DUS testing
fan jian-guang,zhang hai-ying,gong guo-yi,Xiao Jing,GUO Shao-gui,REN Yi,ZHANG Jie,ma yan-ming and XU Yong.Construction and application of SSR fingerprint database of the example varieties in watermelon DUS testing[J].Journal of Plant Genetic Resources,2013,14(5):892-899.
Authors:fan jian-guang  zhang hai-ying  gong guo-yi  Xiao Jing  GUO Shao-gui  REN Yi  ZHANG Jie  ma yan-ming and XU Yong
Abstract:A core set of SSR markers which represent the maximize watermelon genetic diversity was used to analyze the genetic diversity of 24 example varieties in watermelon DUS testing, then the SSR fingerprint database of these varieties was constructed. Based on the SNP-based dendrogram for the 17 resequencing lines, we evaluated the genetic relationship among these varieties, and they were classified into 3 groups with the similarity coefficient of 0.80, this marker-based clustering showed more accurate than the traditional morphological clustering. Using two-dimensional (QR) code, the SSR fingerprint database of 24 example varieties was constructed. The utility of this detection system in DUS molecular test was analyzed using a PVP varieties "Jingxin No. 2" and its control "Jingxin No. 1", there were 4 polymorphic alleles among 32 alleles and their similarity coefficient was 0.89. It showed more polymorphic alleles and more accurate than morphological identification. The SSR fingerprint database of example varieties and molecular detection system used in this study can be applied in DUS molecular test of watermelon. Moreover, they will provide a basis for genetic purity, genetic background screening and authenticity fast evaluation of watermelon.
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